More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4481 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  100 
 
 		 303 aa  594  1e-169  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  93.07 
 
 		 303 aa  522  1e-147  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  46.75 
 
 		 289 aa  249  5e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  46.75 
 
 		 289 aa  248  7e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  46.75 
 
 		 289 aa  248  7e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  47.67 
 
 		 284 aa  248  9e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  48.93 
 
 		 287 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  45.66 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  45.97 
 
 		 279 aa  225  9e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  46.72 
 
 		 286 aa  224  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  50.34 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  45.4 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  43.05 
 
 		 291 aa  217  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  43.14 
 
 		 290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  43.43 
 
 		 275 aa  210  3e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  45.81 
 
 		 298 aa  207  3e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  40.13 
 
 		 359 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  45.86 
 
 		 306 aa  199  6e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  44.93 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  40.46 
 
 		 381 aa  188  9e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  41.3 
 
 		 286 aa  186  3e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  39.02 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  42.32 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  34.97 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  37.82 
 
 		 336 aa  176  3e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  38.49 
 
 		 282 aa  176  5e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  37.73 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  41.38 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  37.15 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  41.18 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  42.8 
 
 		 278 aa  156  5.0000000000000005e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  37.76 
 
 		 292 aa  155  6e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  37.01 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  37.09 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  37.96 
 
 		 274 aa  128  9.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  37.55 
 
 		 238 aa  118  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  44.83 
 
 		 224 aa  107  3e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 486 aa  103  3e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  44.9 
 
 		 386 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  36.88 
 
 		 487 aa  100  4e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  36.88 
 
 		 487 aa  100  4e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  33.91 
 
 		 371 aa  100  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  38.96 
 
 		 240 aa  98.2  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  35.09 
 
 		 225 aa  97.4  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  34.48 
 
 		 356 aa  97.4  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  38.1 
 
 		 201 aa  97.1  4e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  39.38 
 
 		 358 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  37.06 
 
 		 219 aa  95.1  1e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  35.8 
 
 		 365 aa  95.1  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  42.75 
 
 		 223 aa  95.5  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  39.16 
 
 		 327 aa  94.7  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  40 
 
 		 342 aa  93.6  4e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  43.75 
 
 		 283 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  37.85 
 
 		 226 aa  93.2  5e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  39.26 
 
 		 342 aa  93.2  5e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  34.67 
 
 		 511 aa  92.8  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  39.72 
 
 		 228 aa  92.4  7e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  42.55 
 
 		 268 aa  92  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  40.38 
 
 		 389 aa  91.3  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  36.54 
 
 		 267 aa  90.5  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  35.57 
 
 		 227 aa  90.5  3e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  37.7 
 
 		 281 aa  90.5  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  38 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  38 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  43.9 
 
 		 224 aa  87  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  40 
 
 		 263 aa  85.9  8e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  36.57 
 
 		 190 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  36.57 
 
 		 190 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  36.57 
 
 		 190 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  36.57 
 
 		 190 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  36.57 
 
 		 190 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  35.82 
 
 		 190 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  35.71 
 
 		 579 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  34.08 
 
 		 348 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  35.93 
 
 		 205 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  35.12 
 
 		 569 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  30.71 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  43.38 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  33.92 
 
 		 519 aa  82.4  0.000000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  36.84 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  38.06 
 
 		 190 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  42.57 
 
 		 271 aa  82  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  34.33 
 
 		 182 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  35.29 
 
 		 376 aa  80.9  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  35.2 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  32.28 
 
 		 236 aa  79.7  0.00000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0404  rhomboid family protein  37.7 
 
 		 225 aa  78.6  0.0000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.613435  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  38.46 
 
 		 515 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  36.99 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  32.51 
 
 		 554 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  36.92 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0235  rhomboid family protein  35.29 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  33.77 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0462  Rhomboid family protein  35.19 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.846794  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  31.91 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  34.83 
 
 		 489 aa  72.8  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  36.05 
 
 		 198 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  31.28 
 
 		 541 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5062  rhomboid family protein  34.56 
 
 		 190 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  35.37 
 
 		 198 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>