More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0023 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  100 
 
 		 278 aa  549  1e-155  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  51.84 
 
 		 315 aa  230  2e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  51.56 
 
 		 292 aa  229  4e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  51.56 
 
 		 282 aa  228  1e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  49.28 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  46.83 
 
 		 286 aa  214  9e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  47.56 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  46.34 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  46.67 
 
 		 286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  46.04 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  46.04 
 
 		 289 aa  195  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  46.04 
 
 		 289 aa  195  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  44.57 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  43.9 
 
 		 287 aa  191  8e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  45.68 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  43.91 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  42.22 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  40.43 
 
 		 292 aa  185  7e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  45.83 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  43.88 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  45.22 
 
 		 290 aa  181  9.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  40.51 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  40.77 
 
 		 275 aa  166  5e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  43.27 
 
 		 306 aa  162  8.000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  40.73 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  40.38 
 
 		 317 aa  157  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  41.07 
 
 		 381 aa  152  8e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  44.55 
 
 		 238 aa  152  8e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  40.74 
 
 		 306 aa  151  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  39.54 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  38.82 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  34.93 
 
 		 359 aa  145  8.000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  38.64 
 
 		 336 aa  143  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  37.02 
 
 		 356 aa  142  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  34.3 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  36.73 
 
 		 274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  40.35 
 
 		 201 aa  97.1  3e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  31.6 
 
 		 342 aa  92.8  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  38.59 
 
 		 327 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  37.63 
 
 		 365 aa  91.3  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  30.66 
 
 		 342 aa  89.7  5e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  38.65 
 
 		 386 aa  89  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  37.22 
 
 		 579 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  37.93 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  37.58 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  32.74 
 
 		 371 aa  80.1  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  35.76 
 
 		 376 aa  79.7  0.00000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  29.56 
 
 		 486 aa  79.7  0.00000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  37.69 
 
 		 234 aa  78.6  0.0000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  35.1 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  32.67 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  38.81 
 
 		 523 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  30.41 
 
 		 362 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  39.13 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  34.55 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  38.81 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  34.15 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  33.11 
 
 		 519 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  32.84 
 
 		 389 aa  72.4  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  36.73 
 
 		 358 aa  72  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  26.75 
 
 		 225 aa  72  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5280  hypothetical protein  35.75 
 
 		 372 aa  71.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.274903  normal  0.237691 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  39.67 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  31.45 
 
 		 267 aa  71.2  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  32.56 
 
 		 487 aa  70.1  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  32.56 
 
 		 487 aa  70.1  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  35.48 
 
 		 356 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  38.46 
 
 		 281 aa  68.9  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  32.89 
 
 		 248 aa  68.6  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  40.27 
 
 		 197 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  29.69 
 
 		 396 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  36.42 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  38.03 
 
 		 226 aa  68.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  42.35 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  34.18 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  33.17 
 
 		 234 aa  67  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  29.21 
 
 		 360 aa  67  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  31.79 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  32.89 
 
 		 541 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  36.36 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  36.36 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  40.74 
 
 		 528 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  36.69 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  33.53 
 
 		 172 aa  65.9  0.0000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  34.03 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  28.57 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  31.96 
 
 		 513 aa  65.1  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  46.34 
 
 		 520 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  31.4 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  33.96 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  40 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  41.57 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  32.84 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  28.24 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  34.56 
 
 		 554 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  45.12 
 
 		 520 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  32.84 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  31.29 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  32.35 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  29.86 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>