More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5416 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 534 aa  1090    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  98.5 
 
 		 534 aa  1075    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  39.13 
 
 		 533 aa  332  8e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  39.04 
 
 		 533 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  39.25 
 
 		 522 aa  324  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  39.19 
 
 		 530 aa  319  9e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  38.41 
 
 		 526 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  37.79 
 
 		 525 aa  310  5e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  36.31 
 
 		 531 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  37.25 
 
 		 514 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 		 549 aa  301  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  36.27 
 
 		 538 aa  297  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  36.83 
 
 		 521 aa  294  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  36.82 
 
 		 509 aa  293  8e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  34.99 
 
 		 528 aa  291  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  35.91 
 
 		 512 aa  289  7e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  37.09 
 
 		 521 aa  287  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  36.02 
 
 		 532 aa  286  8e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  35.7 
 
 		 516 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  35.61 
 
 		 532 aa  283  7.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 		 535 aa  282  9e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  36.6 
 
 		 528 aa  282  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  34.86 
 
 		 516 aa  280  4e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  34.53 
 
 		 535 aa  279  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  35.48 
 
 		 537 aa  276  5e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  35.76 
 
 		 515 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  34.14 
 
 		 544 aa  268  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  35.36 
 
 		 524 aa  266  8e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  32.28 
 
 		 528 aa  236  8e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 528 aa  234  4.0000000000000004e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  31.98 
 
 		 528 aa  230  6e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 		 528 aa  229  8e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  35.21 
 
 		 530 aa  218  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 526 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 		 526 aa  216  9e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 		 527 aa  213  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 		 526 aa  211  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 		 544 aa  204  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 523 aa  204  4e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  32.43 
 
 		 523 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  30.83 
 
 		 528 aa  197  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  31.31 
 
 		 527 aa  197  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 		 505 aa  197  6e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.8 
 
 		 535 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  27.91 
 
 		 526 aa  196  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 		 531 aa  196  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 510 aa  194  3e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  30.02 
 
 		 532 aa  194  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  30.66 
 
 		 526 aa  194  5e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 538 aa  192  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 		 534 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  29.92 
 
 		 531 aa  189  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  29.9 
 
 		 497 aa  188  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 521 aa  187  4e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  27.42 
 
 		 521 aa  187  4e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.42 
 
 		 521 aa  187  4e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  27.42 
 
 		 521 aa  187  4e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  27.11 
 
 		 521 aa  186  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.25 
 
 		 542 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 		 514 aa  185  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 		 526 aa  184  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 528 aa  183  7e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 		 511 aa  180  4.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 		 526 aa  179  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 520 aa  179  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  29.57 
 
 		 516 aa  178  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 		 556 aa  177  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  27.76 
 
 		 527 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 		 532 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  29.57 
 
 		 517 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  29.16 
 
 		 519 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.08 
 
 		 545 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.53 
 
 		 524 aa  174  5e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.98 
 
 		 516 aa  174  5e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 		 529 aa  174  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 520 aa  173  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 		 521 aa  172  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 515 aa  171  3e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  29.04 
 
 		 517 aa  171  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  32.19 
 
 		 460 aa  171  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  31.57 
 
 		 527 aa  171  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 512 aa  169  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 512 aa  169  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 512 aa  169  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.55 
 
 		 528 aa  169  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.71 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 524 aa  167  4e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 		 544 aa  167  6.9999999999999995e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.85 
 
 		 505 aa  166  8e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  28.07 
 
 		 514 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 		 495 aa  163  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5411  extracellular solute-binding protein family 5  28.49 
 
 		 506 aa  162  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.253312  decreased coverage  0.00154474 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 520 aa  162  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26 
 
 		 532 aa  161  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5344  extracellular solute-binding protein family 5  28.68 
 
 		 506 aa  161  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.297716  normal  0.516905 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  26.76 
 
 		 595 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 		 512 aa  158  2e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.08 
 
 		 504 aa  157  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>