More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5082 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  100 
 
 
250 aa  501  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  48.55 
 
 
299 aa  191  7e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  46.84 
 
 
255 aa  182  5e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  46.75 
 
 
246 aa  177  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  45.69 
 
 
242 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  44.4 
 
 
234 aa  175  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  44.3 
 
 
242 aa  172  6e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  46.55 
 
 
236 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  46.32 
 
 
236 aa  164  2e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  41.1 
 
 
255 aa  161  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  43.59 
 
 
249 aa  160  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  44.87 
 
 
284 aa  158  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  40.89 
 
 
251 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  41.33 
 
 
251 aa  155  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  40.71 
 
 
274 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  38.46 
 
 
253 aa  153  3e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  42.04 
 
 
249 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  42.04 
 
 
249 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  42.04 
 
 
249 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  38.56 
 
 
249 aa  151  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  39.56 
 
 
249 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  41.15 
 
 
253 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  39.42 
 
 
253 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
248 aa  149  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  40.71 
 
 
273 aa  147  1e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  9.57079e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
268 aa  147  2e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  37.33 
 
 
273 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  40.51 
 
 
262 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  40.27 
 
 
272 aa  146  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  39.57 
 
 
253 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  39.57 
 
 
253 aa  144  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  39.56 
 
 
251 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  39.82 
 
 
268 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  41.74 
 
 
260 aa  142  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
270 aa  141  9e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
254 aa  136  3e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  36.89 
 
 
249 aa  136  3e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  37.04 
 
 
247 aa  135  6e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  36.44 
 
 
249 aa  134  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  36.44 
 
 
249 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  37.61 
 
 
237 aa  134  1e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  36.61 
 
 
237 aa  134  2e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  36.8 
 
 
247 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  36.75 
 
 
246 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  36.68 
 
 
248 aa  130  2e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  43.35 
 
 
244 aa  128  7e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  39.21 
 
 
252 aa  128  9e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
272 aa  128  1e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  37.67 
 
 
232 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  39.47 
 
 
243 aa  126  4e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  36.84 
 
 
248 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  35.48 
 
 
244 aa  125  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
247 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
245 aa  122  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  39.21 
 
 
240 aa  122  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  39.91 
 
 
235 aa  122  8e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  37.22 
 
 
237 aa  120  1e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
247 aa  121  1e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  39.01 
 
 
233 aa  120  2e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  35.81 
 
 
236 aa  119  5e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
259 aa  119  5e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  8.56086e-05  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  38.57 
 
 
233 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  34.18 
 
 
241 aa  118  9e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  42.61 
 
 
233 aa  117  2e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
274 aa  115  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  41.42 
 
 
249 aa  115  9e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  34.07 
 
 
234 aa  114  2e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  34.17 
 
 
240 aa  113  4e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  37.73 
 
 
238 aa  112  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
288 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  34.17 
 
 
240 aa  112  8e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  35.84 
 
 
239 aa  111  9e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  9.63165e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  36.24 
 
 
238 aa  111  1e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  35.53 
 
 
252 aa  111  1e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  33.62 
 
 
239 aa  109  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
230 aa  110  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  36 
 
 
239 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 
239 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
251 aa  108  7e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  36.21 
 
 
242 aa  108  8e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  37.78 
 
 
234 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  34.51 
 
 
238 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  37.96 
 
 
275 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  30.8 
 
 
266 aa  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  34.07 
 
 
255 aa  105  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
234 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
246 aa  105  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
246 aa  105  7e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
218 aa  105  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
215 aa  105  8e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  32.7 
 
 
218 aa  104  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
218 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 
218 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 
255 aa  104  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
233 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
218 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6745  GntR domain-containing protein  37.77 
 
 
243 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
218 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  41.32 
 
 
264 aa  103  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  34.04 
 
 
250 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>