More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1929 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
409 aa  799    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  66.75 
 
 
408 aa  499  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  65.53 
 
 
413 aa  491  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.85 
 
 
411 aa  422  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.2 
 
 
410 aa  410  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  55.33 
 
 
415 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  53.3 
 
 
416 aa  402  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.79 
 
 
411 aa  399  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.52 
 
 
404 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.39 
 
 
410 aa  394  1e-108  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.28 
 
 
412 aa  386  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.3 
 
 
414 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  55.22 
 
 
408 aa  374  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  49.08 
 
 
402 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  49.87 
 
 
402 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  47.62 
 
 
402 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.88 
 
 
404 aa  316  4e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.48 
 
 
430 aa  283  4.0000000000000003e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.48 
 
 
419 aa  278  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.2 
 
 
416 aa  261  1e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.2 
 
 
431 aa  256  5e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.9 
 
 
414 aa  251  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.13 
 
 
429 aa  249  5e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.36 
 
 
428 aa  249  8e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.71 
 
 
440 aa  229  7e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.15 
 
 
417 aa  224  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.73 
 
 
442 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.58 
 
 
508 aa  216  5e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.8 
 
 
415 aa  206  5e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.8 
 
 
397 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.45 
 
 
428 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  37.69 
 
 
413 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.68 
 
 
405 aa  184  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.12 
 
 
388 aa  181  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.05 
 
 
408 aa  172  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  37.4 
 
 
402 aa  170  5e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  34.73 
 
 
418 aa  166  8e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.44 
 
 
392 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.65 
 
 
416 aa  162  8.000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 
402 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  31.25 
 
 
400 aa  159  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.84 
 
 
373 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  31.27 
 
 
412 aa  157  3e-37  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.96 
 
 
392 aa  157  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.16 
 
 
362 aa  157  4e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.56 
 
 
418 aa  156  6e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  36.96 
 
 
398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  34.29 
 
 
416 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  34.21 
 
 
394 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  36.03 
 
 
414 aa  150  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  36.05 
 
 
396 aa  149  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.89 
 
 
400 aa  149  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.89 
 
 
400 aa  149  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.35 
 
 
421 aa  147  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  31.03 
 
 
420 aa  145  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.03 
 
 
403 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3415  diaminopimelate decarboxylase  34.74 
 
 
444 aa  143  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.656066  normal  0.0355245 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  33.26 
 
 
484 aa  142  8e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  30.08 
 
 
402 aa  140  3.9999999999999997e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  30.71 
 
 
399 aa  140  3.9999999999999997e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  32.07 
 
 
403 aa  140  3.9999999999999997e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  30.95 
 
 
407 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  31.23 
 
 
401 aa  139  7.999999999999999e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  34.15 
 
 
451 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  30.05 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  29.81 
 
 
402 aa  137  5e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  28.25 
 
 
384 aa  136  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  30.89 
 
 
433 aa  135  9e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  34.13 
 
 
422 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  32.66 
 
 
427 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  31.85 
 
 
448 aa  133  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  34.19 
 
 
415 aa  133  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  31.54 
 
 
430 aa  132  9e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4395  decarboxylase domain-containing protein  48.7 
 
 
171 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  33.85 
 
 
421 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  31.58 
 
 
455 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  33.94 
 
 
421 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  32.41 
 
 
427 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  34.43 
 
 
421 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  34.64 
 
 
421 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  34.55 
 
 
419 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  33.78 
 
 
422 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  34.55 
 
 
419 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0382  diaminopimelate decarboxylase  32.14 
 
 
439 aa  131  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 
382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  32.75 
 
 
417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  32.35 
 
 
422 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  32.41 
 
 
427 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  32.72 
 
 
433 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  33.59 
 
 
427 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  36.9 
 
 
423 aa  129  8.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  30.11 
 
 
403 aa  129  9.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  31.72 
 
 
416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  30.73 
 
 
447 aa  129  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  33.6 
 
 
434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  34.14 
 
 
414 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  28.89 
 
 
415 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  33.16 
 
 
421 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0992  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 
427 aa  127  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10961  diaminopimelate decarboxylase  29.37 
 
 
455 aa  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.297348  normal  0.231621 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>