256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4395 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4395  decarboxylase domain-containing protein  100 
 
 
171 aa  351  2e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  51.41 
 
 
416 aa  157  7e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.52 
 
 
411 aa  150  8e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.45 
 
 
412 aa  149  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  48.39 
 
 
415 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.52 
 
 
414 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  52.17 
 
 
402 aa  141  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.64 
 
 
410 aa  141  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.17 
 
 
410 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.91 
 
 
404 aa  134  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  51.3 
 
 
402 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.57 
 
 
411 aa  133  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.7 
 
 
409 aa  131  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  51.3 
 
 
402 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.57 
 
 
408 aa  122  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  39.88 
 
 
408 aa  119  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.48 
 
 
430 aa  119  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.97 
 
 
413 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.74 
 
 
429 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.61 
 
 
428 aa  112  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.74 
 
 
431 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.22 
 
 
404 aa  107  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.25 
 
 
416 aa  98.2  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.79 
 
 
419 aa  93.2  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.04 
 
 
414 aa  86.7  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.03 
 
 
442 aa  81.3  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.86 
 
 
508 aa  77.4  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.57 
 
 
417 aa  68.9  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.25 
 
 
440 aa  68.6  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.3 
 
 
415 aa  66.2  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.24 
 
 
428 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.03 
 
 
393 aa  53.5  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  27.63 
 
 
484 aa  53.5  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0699  AMP-dependent synthetase and ligase  37.68 
 
 
545 aa  52.4  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7298  peptide synthetase  37.7 
 
 
2573 aa  52.4  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2183  Diaminopimelate decarboxylase  28.97 
 
 
412 aa  52  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  27.15 
 
 
394 aa  50.8  0.000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.7 
 
 
408 aa  50.8  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1829  amino acid adenylation  34.85 
 
 
4037 aa  50.4  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  28.32 
 
 
445 aa  50.4  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  25.64 
 
 
413 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.12 
 
 
402 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.97 
 
 
373 aa  49.7  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.87 
 
 
388 aa  49.7  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0382  diaminopimelate decarboxylase  31.37 
 
 
439 aa  49.7  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  27.27 
 
 
453 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 
553 aa  49.3  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  32.56 
 
 
439 aa  49.3  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.39 
 
 
388 aa  48.9  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.23 
 
 
405 aa  49.3  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2020  AMP-dependent synthetase and ligase  32.81 
 
 
523 aa  48.9  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.256098 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17190  diaminopimelate decarboxylase  28.45 
 
 
395 aa  48.9  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.479032  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2351  amino acid adenylation domain-containing protein  32.35 
 
 
541 aa  48.5  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.84 
 
 
388 aa  48.5  0.00005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25 
 
 
397 aa  48.1  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2086  diaminopimelate decarboxylase  32.56 
 
 
447 aa  47.8  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000557843  normal  0.888186 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.14 
 
 
362 aa  48.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  30 
 
 
403 aa  47.8  0.00007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  31.73 
 
 
401 aa  47.8  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2577  amino acid adenylation  35.38 
 
 
5926 aa  47.4  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2574  amino acid adenylation domain-containing protein  35.59 
 
 
6404 aa  47.4  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4699  non-ribosomal peptide synthetase, terminal component  36.67 
 
 
4531 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2608  amino acid adenylation  36.07 
 
 
9498 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2611  amino acid adenylation  35.48 
 
 
614 aa  47  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335751  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3722  amino acid adenylation  36.21 
 
 
6676 aa  47  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  29.31 
 
 
418 aa  47.4  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1613  non-ribosomal peptide synthase  32.81 
 
 
3498 aa  47  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0181375 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  31.34 
 
 
511 aa  47  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6813  arthrofactin synthetase/syringopeptin synthetase C-related non-ribosomal peptide synthetase  37.93 
 
 
4383 aa  47  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  26.27 
 
 
418 aa  47.4  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6298  amino acid adenylation domain protein  40.38 
 
 
893 aa  46.6  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.620123 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3415  diaminopimelate decarboxylase  27.03 
 
 
444 aa  46.6  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.656066  normal  0.0355245 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  25.83 
 
 
402 aa  46.6  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3066  MCP methyltransferase, CheR-type  42.59 
 
 
4483 aa  46.2  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2212  amino acid adenylation  36.21 
 
 
5422 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0798  diaminopimelate decarboxylase  29.91 
 
 
393 aa  46.6  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1830  amino acid adenylation  35.94 
 
 
1138 aa  46.2  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.2 
 
 
421 aa  46.6  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.49 
 
 
392 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.93 
 
 
392 aa  46.6  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3804  AMP-dependent synthetase and ligase  37.29 
 
 
529 aa  46.6  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6814  arthrofactin synthetase/syringopeptin synthetase C-related non-ribosomal peptide synthetase module  34.43 
 
 
8646 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05859  peptide synthetase protein  37.04 
 
 
5953 aa  45.8  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05860  peptide synthetase protein  37.04 
 
 
6889 aa  45.8  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2830  non-ribosomal peptide synthetase SyfB  39.06 
 
 
5929 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2616  amino acid adenylation  36.21 
 
 
13537 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  39.24 
 
 
435 aa  45.8  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3739  amino acid adenylation domain protein  32.79 
 
 
1193 aa  45.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.133452  normal  0.0805981 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4753  amino acid adenylation domain-containing protein  34.38 
 
 
6176 aa  45.4  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.86552 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3685  amino acid adenylation domain protein  32.79 
 
 
1193 aa  45.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  30.77 
 
 
417 aa  45.4  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  28.1 
 
 
425 aa  45.4  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2570  amino acid adenylation domain-containing protein  40.74 
 
 
3114 aa  45.1  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0117255 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3095  amino acid adenylation domain protein  31.15 
 
 
1556 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0542  amino acid adenylation domain protein  30.88 
 
 
534 aa  45.4  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.404103  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6812  arthrofactin synthetase/syringopeptin synthetase C-related non-ribosomal peptide synthetase module  34.48 
 
 
2370 aa  45.4  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  37.74 
 
 
552 aa  45.1  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5872  amino acid adenylation domain protein  36.07 
 
 
1550 aa  45.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00539466 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0576  diaminopimelate decarboxylase  25.58 
 
 
431 aa  45.1  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.757685  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  24.32 
 
 
400 aa  45.1  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>