83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0896 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_0896  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
218 aa  442  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00832617  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8756  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 
217 aa  115  4e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.387077  normal  0.0874834 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  23.79 
 
 
212 aa  50.4  2e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  5.3734e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4467  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
206 aa  50.1  3e-05  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0963408 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 
200 aa  49.7  3e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
202 aa  49.7  3e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0018  TetR family transcriptional regulator  21.72 
 
 
196 aa  48.5  8e-05  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1941  hypothetical protein  24.07 
 
 
200 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  5.61308e-07 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
497 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0403  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
195 aa  47.4  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
212 aa  47  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
211 aa  46.2  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4037  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
446 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.755951  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0848  transcriptional regulator, TetR family  22.78 
 
 
204 aa  46.6  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  5.68716e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4575  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 
208 aa  46.2  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838748 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1458  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
209 aa  46.2  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1253  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
200 aa  46.2  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  hitchhiker  9.89157e-05 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
215 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 
225 aa  45.4  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  41.43 
 
 
221 aa  45.4  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
215 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
215 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  31.43 
 
 
210 aa  44.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1157  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
215 aa  44.7  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.225528  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2716  TetR family transcriptional regulator  22.34 
 
 
212 aa  44.3  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.448471  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 
217 aa  44.3  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2672  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
217 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0215  transcriptional regulator  36.54 
 
 
191 aa  44.7  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.532306  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3299  regulatory protein, TetR  29.21 
 
 
216 aa  43.9  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0424651 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3689  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 
213 aa  44.3  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 
193 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0888  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
203 aa  44.3  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3687  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
203 aa  44.3  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 
210 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4064  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
203 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
202 aa  43.9  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4182  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
203 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0158  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 
228 aa  43.1  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  30.97 
 
 
218 aa  43.5  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 
217 aa  43.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  39.62 
 
 
208 aa  43.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5173  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
194 aa  43.1  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3734  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
216 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1611  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
205 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0181002  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3807  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
216 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.225103  normal  0.0640685 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1893  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
206 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1557  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
205 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.873387  normal  0.65945 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3746  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
216 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.29443  normal  0.952036 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1587  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
205 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.568163  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1302  putative transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 
180 aa  42.7  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.020943  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.71 
 
 
199 aa  42.7  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0758  transcriptional regulator  38.89 
 
 
193 aa  42.7  0.004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000100978  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2987  hypothetical protein  30.43 
 
 
219 aa  43.1  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0665  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 
195 aa  42.4  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11957  normal  0.196161 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  31.73 
 
 
212 aa  42.4  0.005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 
219 aa  42.4  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0813  transcriptional regulator  25.29 
 
 
181 aa  42.4  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  3.7914e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1028  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
200 aa  42.4  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0479484  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2565  transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 
248 aa  42.4  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  6.72076e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5146  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
209 aa  42.4  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
223 aa  42.7  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1936  transcriptional regulator, TetR family  19.87 
 
 
193 aa  42.4  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 
220 aa  42.4  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4404  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
213 aa  42.4  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  28.28 
 
 
248 aa  42.4  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 
212 aa  42  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1193  TetR family transcriptional regulator  22.09 
 
 
210 aa  42.4  0.006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  3.66279e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1516  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
218 aa  42  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.875223  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8998  putative transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 
229 aa  42  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.115445  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5058  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
221 aa  42  0.007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.519107  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3349  TetR family transcriptional regulator  39.36 
 
 
209 aa  42  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.545743 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4111  regulatory protein, TetR  25.7 
 
 
211 aa  42  0.008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0744  hypothetical protein  34.62 
 
 
184 aa  42  0.008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.202203  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1892  transcriptional regulator  25.74 
 
 
205 aa  41.6  0.008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00216331  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
216 aa  42  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0987  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
203 aa  41.6  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 
208 aa  41.6  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  4.89141e-09  normal  0.182844 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0727  hypothetical protein  34.62 
 
 
184 aa  41.6  0.009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4141  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
243 aa  41.6  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
208 aa  41.6  0.01  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10308  TetR/AcrR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
210 aa  41.6  0.01  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.36223e-06  normal  0.125099 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0313  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
202 aa  41.6  0.01  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.121906  hitchhiker  0.00929139 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3329  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
197 aa  41.6  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0147538 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>