More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1941 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1941  hypothetical protein  100 
 
 		 200 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4404  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5244  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5332  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.199817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5623  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.63347  normal  0.363092 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  25.83 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2048  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 249 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5172  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.369972  normal  0.335335 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  26.02 
 
 		 208 aa  53.5  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4507  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 224 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.916577  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4890  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.218482 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0764  transcriptional regulator, TetR family  23.65 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000222329 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4594  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 224 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.60513  normal  0.70435 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 324 aa  52.8  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0726  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 203 aa  52.8  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 212 aa  52.4  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1458  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 209 aa  52.8  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2524  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000581245  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2489  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 203 aa  52  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.371609  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C37  transcriptional regulator  34.83 
 
 		 191 aa  52  0.000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 203 aa  51.6  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  28.33 
 
 		 216 aa  52  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2161  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 206 aa  51.6  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2102  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 206 aa  51.6  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.526616  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0955  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 212 aa  51.6  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2294  TetR family regulatory protein  45.16 
 
 		 206 aa  51.6  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2214  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 219 aa  51.6  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.411668  normal  0.665917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 196 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 196 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 212 aa  51.2  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5079  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 190 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4635  regulatory protein, TetR  28.17 
 
 		 226 aa  50.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6328  transcriptional regulator, TetR family  30.4 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00138827  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2568  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.21232  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2762  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000444516 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2754  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.864254  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1169  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2767  transcriptional regulator, TetR family  28.03 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.430405  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2525  transcriptional regulator, TetR family  26.36 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.905424  hitchhiker  0.00170542 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 197 aa  49.7  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 197 aa  49.7  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 202 aa  49.7  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 198 aa  49.3  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1751  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6341  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0497044  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  28.45 
 
 		 219 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1738  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2809  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.167328  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1674  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 192 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.344236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2290  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 206 aa  48.9  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.721121  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3394  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 220 aa  49.3  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3810  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 191 aa  49.3  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4838  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 217 aa  48.9  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 204 aa  48.9  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 241 aa  48.9  0.00005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4037  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 446 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.755951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15710  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  48.9  0.00005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274511  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1360  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 270 aa  48.9  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100226  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2128  transcriptional regulator, TetR family  31.46 
 
 		 202 aa  48.5  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.190242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0358  regulatory protein, TetR  43.14 
 
 		 240 aa  48.5  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000667156 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 206 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5790  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 220 aa  48.5  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 206 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1551  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 227 aa  48.5  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.386957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 242 aa  48.5  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2355  transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 		 204 aa  48.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 211 aa  48.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3663  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 201 aa  48.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.579152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5087  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 259 aa  48.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4405  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 259 aa  48.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.630882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5773  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 259 aa  48.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.669739 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 184 aa  48.1  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3152  transcriptional regulator, TetR family  24.5 
 
 		 248 aa  48.1  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262017  normal  0.121031 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 335 aa  47.4  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0132  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 204 aa  47.4  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.410533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1774  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 231 aa  47.8  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277997  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 211 aa  47.4  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0653  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 239 aa  47.8  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 257 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 224 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1659  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1659  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 224 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4652  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2156  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 207 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.362049 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1647  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 215 aa  47  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2411  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 205 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.147912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 185 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2298  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4572  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.270475 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 497 aa  47  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 193 aa  46.6  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>