More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1148 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 99 aa  190  6e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  44.16 
 
 		 91 aa  67.8  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  41.57 
 
 		 135 aa  67  0.00000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 		 116 aa  65.5  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 119 aa  64.3  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  41.46 
 
 		 150 aa  62  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 150 aa  61.6  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 104 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  45.83 
 
 		 89 aa  60.8  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 104 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 104 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  47.54 
 
 		 112 aa  60.5  0.000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  38.55 
 
 		 134 aa  60.5  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  44.12 
 
 		 158 aa  59.7  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  45.31 
 
 		 108 aa  60.1  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  42.27 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  45.59 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  39.24 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  43.59 
 
 		 101 aa  58.5  0.00000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 255 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 104 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 260 aa  57.4  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 250 aa  57.4  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 106 aa  57  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  44.12 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  44.44 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  43.75 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 104 aa  55.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 114 aa  55.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  42.68 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  40.74 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 256 aa  54.3  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  37.97 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  44.07 
 
 		 255 aa  54.3  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  39.77 
 
 		 148 aa  53.9  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_277  DNA-binding protein  43.06 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000765574  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 175 aa  53.9  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 127 aa  53.5  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.3 
 
 		 119 aa  53.5  0.0000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  49.21 
 
 		 192 aa  53.5  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  43.06 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 128 aa  52.8  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  44.59 
 
 		 108 aa  53.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 122 aa  52.4  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0315  helix-turn-helix domain-containing protein  43.06 
 
 		 133 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138688  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 252 aa  52.8  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 191 aa  52.4  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 228 aa  52.8  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 119 aa  51.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 116 aa  52  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 140 aa  51.2  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 201 aa  51.2  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 156 aa  50.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 187 aa  50.8  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  36.05 
 
 		 128 aa  50.4  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 196 aa  49.7  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 176 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 500 aa  48.9  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  38.16 
 
 		 222 aa  48.9  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  32.98 
 
 		 156 aa  49.7  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.78 
 
 		 316 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 169 aa  48.5  0.00003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 67 aa  48.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 199 aa  48.1  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 182 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 505 aa  48.1  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 161 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 161 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 161 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 204 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 61 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 86 aa  47.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 181 aa  47.4  0.00006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 140 aa  47.4  0.00006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 162 aa  47.4  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 165 aa  47.4  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  38.24 
 
 		 80 aa  47.4  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 112 aa  47.4  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 117 aa  47  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 193 aa  47  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  40 
 
 		 248 aa  47  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 130 aa  46.6  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 496 aa  46.6  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>