More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1456 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  643    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  39.76 
 
 		 329 aa  94  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  35.54 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  37.75 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  28.81 
 
 		 321 aa  88.2  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 277 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 277 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 277 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 277 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  34.17 
 
 		 319 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  32.51 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 277 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 323 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 311 aa  86.3  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 328 aa  85.9  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 278 aa  85.9  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 320 aa  85.5  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35070  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 284 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2960  putative transcriptional regulator  31.6 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  46 
 
 		 261 aa  85.1  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  30.39 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  40.28 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 		 333 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  49.43 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  29.86 
 
 		 320 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 332 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  33.99 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  22.38 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  35.1 
 
 		 333 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 347 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1485  helix-turn-helix domain-containing protein  27.88 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.232503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  24.88 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 268 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  22.84 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  29.09 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  34.62 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 345 aa  76.6  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 333 aa  76.6  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 334 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 334 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  32.43 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 377 aa  75.9  0.0000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 334 aa  75.9  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 334 aa  75.9  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  27.52 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 331 aa  75.5  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3836  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3780  transcriptional regulator, AraC family  34.51 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 382 aa  74.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  36.42 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 259 aa  72.8  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  36.56 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0488  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 335 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  31.06 
 
 		 330 aa  72.4  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 146 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  31.94 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 146 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 146 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 308 aa  72  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 350 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3963  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 335 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 204 aa  72  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 284 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 291 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 342 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  46.34 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>