More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4834 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  100 
 
 		 353 aa  697    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  65.28 
 
 		 354 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  53.48 
 
 		 401 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  51.66 
 
 		 355 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  51.66 
 
 		 355 aa  347  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  53.95 
 
 		 355 aa  346  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  51.69 
 
 		 355 aa  344  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  63.27 
 
 		 273 aa  342  5.999999999999999e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  49.73 
 
 		 367 aa  332  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  49.44 
 
 		 402 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  50.96 
 
 		 352 aa  325  8.000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  51.92 
 
 		 377 aa  318  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  47.5 
 
 		 362 aa  318  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  50.85 
 
 		 374 aa  315  8e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  51.31 
 
 		 356 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  49.86 
 
 		 379 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  48.09 
 
 		 386 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  47.81 
 
 		 386 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  49.86 
 
 		 358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  48.83 
 
 		 353 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  47.21 
 
 		 371 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  47.03 
 
 		 383 aa  299  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  50.43 
 
 		 368 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  49.58 
 
 		 379 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  49.1 
 
 		 351 aa  295  9e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  46.26 
 
 		 352 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  46.93 
 
 		 368 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  46.09 
 
 		 383 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  43.97 
 
 		 383 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  46.71 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  46.71 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  43.97 
 
 		 383 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  44.39 
 
 		 383 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  44.13 
 
 		 383 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  44 
 
 		 357 aa  270  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  40.94 
 
 		 392 aa  249  5e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  40.94 
 
 		 392 aa  249  5e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  39.95 
 
 		 393 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  41.16 
 
 		 386 aa  239  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  41.53 
 
 		 354 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  40.98 
 
 		 367 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  39.39 
 
 		 387 aa  237  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  39.45 
 
 		 389 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  39.95 
 
 		 388 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  39.01 
 
 		 398 aa  233  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  38.12 
 
 		 387 aa  228  8e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  43.99 
 
 		 353 aa  225  8e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  39.78 
 
 		 387 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  40.49 
 
 		 367 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  40.92 
 
 		 358 aa  222  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  38.4 
 
 		 391 aa  220  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  40 
 
 		 386 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  38.81 
 
 		 361 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  40.48 
 
 		 365 aa  206  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  37.74 
 
 		 363 aa  206  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  39.55 
 
 		 363 aa  206  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  39.3 
 
 		 392 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  40.59 
 
 		 363 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  39.85 
 
 		 378 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  39.55 
 
 		 449 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  39.55 
 
 		 363 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  39.55 
 
 		 363 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  39.55 
 
 		 363 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  39.55 
 
 		 363 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  39.55 
 
 		 363 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  35.88 
 
 		 379 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  39.55 
 
 		 363 aa  199  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  38.84 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  38.84 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  38.81 
 
 		 364 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  38.42 
 
 		 363 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  38.29 
 
 		 372 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  38.42 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  38.12 
 
 		 363 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  39.82 
 
 		 362 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  38.8 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  37.47 
 
 		 379 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  38.06 
 
 		 413 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  38.92 
 
 		 371 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  37.89 
 
 		 379 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  37.89 
 
 		 379 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  38.68 
 
 		 384 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  38.79 
 
 		 383 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  39.07 
 
 		 363 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  38.79 
 
 		 383 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  36.67 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  36.67 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  36.67 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  37.2 
 
 		 384 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  38.24 
 
 		 362 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  37.2 
 
 		 384 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  37.98 
 
 		 381 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  36.93 
 
 		 373 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0524  porin  39.05 
 
 		 374 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000201406  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  35.85 
 
 		 373 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  35.5 
 
 		 357 aa  180  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  35.64 
 
 		 382 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1076  outer membrane protein (porin)  38.97 
 
 		 362 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0592135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  37.64 
 
 		 363 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  37.75 
 
 		 381 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>