99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0445 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0445  putative signal peptide protein  100 
 
 		 234 aa  479  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.248925 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0336  peptidase C39 bacteriocin processing  81.9 
 
 		 227 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.752621 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0321  peptidase C39 bacteriocin processing  81.45 
 
 		 227 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.337286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5873  peptidase (C39-family, bacteriocin processing)  64.15 
 
 		 232 aa  287  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5392  peptidase C39, bacteriocin processing  62.5 
 
 		 209 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0260975  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2175  peptidase C39, bacteriocin processing  53.36 
 
 		 237 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.811326  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1155  peptidase C39, bacteriocin processing  52.79 
 
 		 203 aa  206  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1020  peptidase C39 bacteriocin processing  45.33 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3210  C39 family peptidase  41.12 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2584  peptidase C39, bacteriocin processing  46.67 
 
 		 251 aa  175  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3462  peptidase C39, bacteriocin processing  45.21 
 
 		 261 aa  176  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2316  peptidase C39, bacteriocin processing  40.76 
 
 		 223 aa  175  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.543976  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0738  peptidase C39, bacteriocin processing  43.06 
 
 		 234 aa  169  5e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.772162  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03496  hypothetical protein  40.09 
 
 		 225 aa  149  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3089  peptidase C39 bacteriocin processing  41.92 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3435  peptidase C39 bacteriocin processing  41.92 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.254055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2446  peptidase C39 bacteriocin processing  39.29 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2960  peptidase C39 bacteriocin processing  38.74 
 
 		 237 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0402092  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2765  peptidase C39 bacteriocin processing  38.1 
 
 		 226 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2967  peptidase C39, bacteriocin processing  36.41 
 
 		 227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39250  putative double-glycine peptidase  40.7 
 
 		 226 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050482  normal  0.369017 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2536  peptidase C39, bacteriocin processing  42.11 
 
 		 253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.160882  hitchhiker  0.00642935 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1024  putative peptidase  39.51 
 
 		 237 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0531887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2926  peptidase C39 bacteriocin processing  37.57 
 
 		 226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3545  hypothetical protein  40.35 
 
 		 253 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101815  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4127  peptidase C39 bacteriocin processing  35.08 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936066 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41780  hypothetical protein  39.77 
 
 		 253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2834  peptidase C39, bacteriocin processing  36.51 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0933  C39 family peptidase  37.7 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.212685  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2855  hypothetical protein  35.98 
 
 		 226 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2595  peptidase C39, bacteriocin processing  34.92 
 
 		 226 aa  119  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.369961 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2422  peptidase C39 bacteriocin processing  35.29 
 
 		 251 aa  119  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000506928  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2091  peptidase C39 bacteriocin processing  38.96 
 
 		 234 aa  115  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0732241 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1801  peptidase C39, bacteriocin processing  36.73 
 
 		 266 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3887  peptidase C39, bacteriocin processing  33.8 
 
 		 244 aa  94.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000193962  decreased coverage  0.00447347 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0785  peptidase C39 bacteriocin processing  41.12 
 
 		 427 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297572  normal  0.031231 
 
 
-
 
NC_009796  CCC13826_1371  peptidase family protein  27.46 
 
 		 197 aa  67.8  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1133  bacteriocin-processing peptidase  31.54 
 
 		 714 aa  65.1  0.0000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.156219  normal  0.573302 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3038  peptidase C39 bacteriocin processing  32.35 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.227483  normal  0.191518 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3834  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  28.86 
 
 		 1018 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.823997 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2503  ATPase  29.6 
 
 		 715 aa  56.2  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.479102  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0055  peptidase family protein  24.14 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2150  peptidase C39, bacteriocin processing  29.03 
 
 		 186 aa  54.7  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  normal  0.0669823 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0068  peptidase family protein  23.81 
 
 		 199 aa  54.7  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3040  ABC transporter related  29.1 
 
 		 734 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.638019 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3264  cyclic nucleotide-binding protein  30.08 
 
 		 1038 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0475  bacteriocin-processing peptidase  29.53 
 
 		 1018 aa  54.7  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.977404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0558  ABC transporter related  33.33 
 
 		 725 aa  54.3  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.463125 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0939  ABC transporter related  27.42 
 
 		 721 aa  54.3  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000202507  normal  0.210316 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1761  ABC transporter related  31.47 
 
 		 1675 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.743128 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0425  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease, putative  29.37 
 
 		 721 aa  52.4  0.000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0929  bacteriocin-processing peptidase  28.86 
 
 		 1040 aa  52  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.247839  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0622  bacteriocin-processing peptidase  29.69 
 
 		 722 aa  52  0.000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.44571  normal  0.575885 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0112  ABC transporter related  25.2 
 
 		 727 aa  52  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0592  ABC Transporter  22.38 
 
 		 656 aa  52  0.000009  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0075  ABC transporter-like protein protein  27.45 
 
 		 722 aa  51.2  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3424  cyclic nucleotide-binding protein  25.49 
 
 		 906 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2857  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 1038 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.590453  hitchhiker  0.00593059 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2680  cyclic nucleotide-binding protein  25.49 
 
 		 906 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4002  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  28.19 
 
 		 1018 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1164  ABC transporter related  28.57 
 
 		 716 aa  50.4  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.589518  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0339  ABC transporter-like protein  26.47 
 
 		 695 aa  50.4  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2946  ABC transporter related  27.82 
 
 		 732 aa  50.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.912238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3519  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  27.82 
 
 		 1019 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15711  hypothetical protein  23.81 
 
 		 731 aa  50.4  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0092  ABC transporter related  27.12 
 
 		 727 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  0.0328949 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1097  bacteriocin-processing peptidase  26.32 
 
 		 1042 aa  49.7  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.610594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2265  ABC-type bacteriocin transporter  28.38 
 
 		 727 aa  49.7  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2398  bacteriocin-processing peptidase  26.06 
 
 		 716 aa  49.7  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0391365  hitchhiker  0.0000309205 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2230  hypothetical protein  25 
 
 		 715 aa  49.3  0.00006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0625  bacteriocin-processing peptidase  25.16 
 
 		 736 aa  48.9  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.275381  normal  0.0105564 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1082  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  27.81 
 
 		 738 aa  48.1  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.706831  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0904  ABC transporter related  28.33 
 
 		 1717 aa  48.5  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.971104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1129  ABC transporter, transmembrane region  29.03 
 
 		 748 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00231099  normal  0.125208 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4910  ABC transporter related  29.75 
 
 		 738 aa  48.1  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.948579  normal  0.144734 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4701  ABC transporter related protein  32.08 
 
 		 728 aa  47.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0115772  normal  0.281049 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0410  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  24.83 
 
 		 908 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0406  ABC transporter related  25.81 
 
 		 725 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.330383  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4383  bacteriocin-processing peptidase  27.2 
 
 		 1011 aa  46.6  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.443877  normal  0.0633498 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0237  bacteriocin-processing peptidase  25 
 
 		 715 aa  46.6  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.821835  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1828  ABC transporter related  33.72 
 
 		 738 aa  45.8  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0155639  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6118  ABC transporter related  27.41 
 
 		 731 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1869  ABC transporter related  27.78 
 
 		 726 aa  45.1  0.0009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0582  hypothetical protein  25.65 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1296  ABC transporter related  27.2 
 
 		 730 aa  44.3  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1399  ABC transporter related  25.66 
 
 		 521 aa  43.9  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000528778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3347  ABC-type bacteriocin transporter  27.21 
 
 		 721 aa  43.9  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0880292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4874  ABC transporter related  26.11 
 
 		 714 aa  43.1  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.850711  normal  0.288804 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0873  ATPase  30.4 
 
 		 724 aa  43.5  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.536702 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2331  ABC transporter-related protein  30.4 
 
 		 724 aa  43.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0225  bacteriocin-processing peptidase  28 
 
 		 908 aa  43.5  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8163  ABC transporter related  29.57 
 
 		 767 aa  42.7  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5839  ABC transporter related protein  30.33 
 
 		 743 aa  42.7  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.348328 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2878  peptidase C39, bacteriocin processing  27.27 
 
 		 297 aa  42.4  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0648351  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0728  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporters  24.18 
 
 		 1013 aa  42.4  0.007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.637206  n/a   
 
 
-
 
NC_008503  LACR_A02  bacteriocin-processing peptidase  25.35 
 
 		 716 aa  42  0.009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04477  colicin V secretion/processing ATP-binding protein CvaB/putative ABC transporter protein required for AvrXa21 activity B (raxB)  28.95 
 
 		 719 aa  42  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265194  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl264  putative multidrug ABC transporter  25 
 
 		 608 aa  41.6  0.009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.04334e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0534  bacteriocin-processing peptidase  27.03 
 
 		 727 aa  41.6  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0782715  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>