93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2536 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2536  peptidase C39, bacteriocin processing  100 
 
 		 253 aa  517  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.160882  hitchhiker  0.00642935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3545  hypothetical protein  80.63 
 
 		 253 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101815  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41780  hypothetical protein  79.45 
 
 		 253 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1801  peptidase C39, bacteriocin processing  52.07 
 
 		 266 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2422  peptidase C39 bacteriocin processing  42.25 
 
 		 251 aa  189  4e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000506928  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1020  peptidase C39 bacteriocin processing  45.03 
 
 		 235 aa  132  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0445  putative signal peptide protein  42.11 
 
 		 234 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.248925 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1155  peptidase C39, bacteriocin processing  41.14 
 
 		 203 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0336  peptidase C39 bacteriocin processing  38.07 
 
 		 227 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.752621 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0321  peptidase C39 bacteriocin processing  36.22 
 
 		 227 aa  125  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.337286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2091  peptidase C39 bacteriocin processing  39.5 
 
 		 234 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0732241 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5392  peptidase C39, bacteriocin processing  42.04 
 
 		 209 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0260975  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2175  peptidase C39, bacteriocin processing  43.54 
 
 		 237 aa  124  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.811326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39250  putative double-glycine peptidase  37.06 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050482  normal  0.369017 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0933  C39 family peptidase  40.14 
 
 		 236 aa  121  9e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.212685  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5873  peptidase (C39-family, bacteriocin processing)  42.67 
 
 		 232 aa  121  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3210  C39 family peptidase  35.43 
 
 		 231 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2316  peptidase C39, bacteriocin processing  38 
 
 		 223 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.543976  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2446  peptidase C39 bacteriocin processing  35.14 
 
 		 235 aa  118  7e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2584  peptidase C39, bacteriocin processing  43.92 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0738  peptidase C39, bacteriocin processing  37.65 
 
 		 234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.772162  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2960  peptidase C39 bacteriocin processing  35.98 
 
 		 237 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0402092  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3089  peptidase C39 bacteriocin processing  38.1 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3435  peptidase C39 bacteriocin processing  38.1 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.254055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1024  putative peptidase  35.98 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0531887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3462  peptidase C39, bacteriocin processing  38.16 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2765  peptidase C39 bacteriocin processing  31.4 
 
 		 226 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2967  peptidase C39, bacteriocin processing  35.85 
 
 		 227 aa  105  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2926  peptidase C39 bacteriocin processing  32.95 
 
 		 226 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4127  peptidase C39 bacteriocin processing  35.85 
 
 		 235 aa  104  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2834  peptidase C39, bacteriocin processing  32.37 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222444  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2855  hypothetical protein  32.37 
 
 		 226 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2595  peptidase C39, bacteriocin processing  31.36 
 
 		 226 aa  101  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.369961 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3887  peptidase C39, bacteriocin processing  34.04 
 
 		 244 aa  95.5  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000193962  decreased coverage  0.00447347 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03496  hypothetical protein  34.23 
 
 		 225 aa  90.9  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0785  peptidase C39 bacteriocin processing  32.1 
 
 		 427 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297572  normal  0.031231 
 
 
-
 
NC_009796  CCC13826_1371  peptidase family protein  30.67 
 
 		 197 aa  74.7  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0055  peptidase family protein  27.08 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2150  peptidase C39, bacteriocin processing  30.3 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  normal  0.0669823 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3834  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  28.16 
 
 		 1018 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.823997 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0068  peptidase family protein  28.48 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0225  bacteriocin-processing peptidase  30.16 
 
 		 908 aa  57.4  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3264  cyclic nucleotide-binding protein  27.17 
 
 		 1038 aa  57.4  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2680  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 906 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3424  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 906 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2503  ATPase  28.48 
 
 		 715 aa  56.6  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.479102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4701  ABC transporter related protein  31.67 
 
 		 728 aa  56.2  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0115772  normal  0.281049 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0728  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporters  28.26 
 
 		 1013 aa  56.2  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.637206  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0475  bacteriocin-processing peptidase  28.29 
 
 		 1018 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.977404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0558  ABC transporter related  30.23 
 
 		 725 aa  55.5  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.463125 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2857  cyclic nucleotide-binding protein  26.49 
 
 		 1038 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.590453  hitchhiker  0.00593059 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1271  ABC transporter related  28.24 
 
 		 737 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0410  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  27.73 
 
 		 908 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4002  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  27.21 
 
 		 1018 aa  52.8  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03510  toxin secretion ABC transporter, ATP-binding subunit/permease protein, putative  29.91 
 
 		 724 aa  52.8  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3519  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  26.87 
 
 		 1019 aa  52  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1133  bacteriocin-processing peptidase  27.27 
 
 		 714 aa  52  0.000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.156219  normal  0.573302 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4383  bacteriocin-processing peptidase  26.67 
 
 		 1011 aa  51.2  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.443877  normal  0.0633498 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3807  ABC transporter related  27.15 
 
 		 726 aa  51.2  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0349479 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0075  ABC transporter-like protein protein  29.66 
 
 		 722 aa  50.8  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3038  peptidase C39 bacteriocin processing  28 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.227483  normal  0.191518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4229  ABC transporter related protein  27.86 
 
 		 726 aa  50.1  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1097  bacteriocin-processing peptidase  26.12 
 
 		 1042 aa  49.7  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.610594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2946  ABC transporter related  30.95 
 
 		 732 aa  49.7  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.912238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2230  hypothetical protein  24.6 
 
 		 715 aa  49.7  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3040  ABC transporter related  29.46 
 
 		 734 aa  48.9  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.638019 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4795  ABC transporter related  25.62 
 
 		 741 aa  48.1  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.112132  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0929  bacteriocin-processing peptidase  25.55 
 
 		 1040 aa  47.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.247839  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2167  ABC transporter related  32.5 
 
 		 696 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0837291  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4071  ABC transporter related  28.68 
 
 		 723 aa  47  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0571162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0534  bacteriocin-processing peptidase  28.03 
 
 		 727 aa  46.6  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0782715  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4438  ABC transporter related  28.68 
 
 		 723 aa  47  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.162884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0237  bacteriocin-processing peptidase  28.57 
 
 		 715 aa  46.2  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.821835  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4552  ABC transporter related  28.8 
 
 		 723 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0625  bacteriocin-processing peptidase  22.86 
 
 		 736 aa  46.2  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.275381  normal  0.0105564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4910  ABC transporter related  26.21 
 
 		 738 aa  45.8  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.948579  normal  0.144734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0406  ABC transporter related  25.6 
 
 		 725 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.330383  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3122  ABC transporter related  29.36 
 
 		 721 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.742255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0092  ABC transporter related  26.45 
 
 		 727 aa  45.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  0.0328949 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1143  colicin V processing peptidase cysteine peptidase MEROPS family C39  35.82 
 
 		 733 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0865539  normal  0.618932 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1129  ABC transporter, transmembrane region  27.27 
 
 		 748 aa  43.9  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00231099  normal  0.125208 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1828  ABC transporter related  24.81 
 
 		 738 aa  44.3  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0155639  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1082  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  26.35 
 
 		 738 aa  44.3  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.706831  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1164  ABC transporter related  25 
 
 		 716 aa  44.3  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.589518  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6118  ABC transporter related  26.77 
 
 		 731 aa  43.5  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4346  ABC transporter related  34.33 
 
 		 726 aa  43.1  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.345165  normal  0.461929 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5839  ABC transporter related protein  30.17 
 
 		 743 aa  42.7  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.348328 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0592  ABC Transporter  22.41 
 
 		 656 aa  42.4  0.007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0939  ABC transporter related  27.04 
 
 		 721 aa  42.4  0.007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000202507  normal  0.210316 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0904  ABC transporter related  27.42 
 
 		 1717 aa  42.4  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.971104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3454  ABC transporter related  29.25 
 
 		 706 aa  42.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0425  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease, putative  26.06 
 
 		 721 aa  42  0.009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2265  ABC-type bacteriocin transporter  22.67 
 
 		 727 aa  42  0.01  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>