218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0196 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 178 aa  360  8e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  85.96 
 
 		 179 aa  323  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  85.96 
 
 		 178 aa  316  9e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  85.31 
 
 		 178 aa  314  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  81.01 
 
 		 179 aa  305  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  81.92 
 
 		 188 aa  305  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  82.02 
 
 		 178 aa  303  8.000000000000001e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  66.48 
 
 		 177 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  62.5 
 
 		 177 aa  218  5e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  59.78 
 
 		 179 aa  207  6e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  57.95 
 
 		 197 aa  204  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  57.95 
 
 		 197 aa  204  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  60 
 
 		 180 aa  201  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  57.95 
 
 		 195 aa  201  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  61.93 
 
 		 176 aa  199  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  57.54 
 
 		 188 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  57.95 
 
 		 191 aa  194  6e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  56.98 
 
 		 188 aa  193  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  59.66 
 
 		 199 aa  191  6e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  58.43 
 
 		 196 aa  191  6e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  57.87 
 
 		 196 aa  187  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  53.07 
 
 		 179 aa  187  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  56.82 
 
 		 195 aa  187  8e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  56.74 
 
 		 196 aa  186  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  45.98 
 
 		 183 aa  159  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  38.2 
 
 		 184 aa  127  8.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  38.86 
 
 		 179 aa  120  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  36.36 
 
 		 184 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  36 
 
 		 184 aa  117  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  33.71 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  37.85 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  33.71 
 
 		 179 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  37.7 
 
 		 184 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  37.16 
 
 		 184 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  35.87 
 
 		 199 aa  104  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  35.03 
 
 		 182 aa  102  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  34.27 
 
 		 179 aa  101  6e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  35.33 
 
 		 204 aa  98.2  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 184 aa  93.6  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  28.65 
 
 		 186 aa  90.5  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 177 aa  87.8  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  32.22 
 
 		 178 aa  86.3  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 183 aa  85.5  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  31.65 
 
 		 183 aa  83.2  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  35.16 
 
 		 190 aa  82  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  33.95 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  31.28 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  32.06 
 
 		 184 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  29.61 
 
 		 193 aa  77.4  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  29.41 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  30.87 
 
 		 179 aa  74.7  0.0000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  25.15 
 
 		 184 aa  71.6  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  29.83 
 
 		 194 aa  71.2  0.000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  27.81 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  27.22 
 
 		 177 aa  70.1  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  30.71 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  31.54 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  31.54 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  31.54 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  31.54 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.23 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  33.58 
 
 		 194 aa  68.6  0.00000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  32.06 
 
 		 188 aa  68.9  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  31.5 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  27.81 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  31.82 
 
 		 185 aa  67  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  34.44 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  29.78 
 
 		 187 aa  66.2  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  28.11 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 184 aa  66.2  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 184 aa  66.2  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  30.17 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  30.57 
 
 		 190 aa  65.5  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.92 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  24 
 
 		 194 aa  65.1  0.0000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  36.44 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  27.84 
 
 		 178 aa  63.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  26.09 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  29.08 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  26.82 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  30.37 
 
 		 188 aa  62  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  29.34 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  29.23 
 
 		 183 aa  61.6  0.000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  38.17 
 
 		 180 aa  61.2  0.000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  28.03 
 
 		 179 aa  60.5  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  24.43 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0370  hypothetical protein  29.36 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  29.21 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 189 aa  58.5  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  26.72 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>