More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0626 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  100 
 
 		 196 aa  386  1e-107  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  70.21 
 
 		 197 aa  266  1e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  69.54 
 
 		 184 aa  254  5e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  72.35 
 
 		 180 aa  250  7e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  74.05 
 
 		 170 aa  240  1e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  64.71 
 
 		 172 aa  217  8.999999999999998e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  60.49 
 
 		 169 aa  208  3e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  35.29 
 
 		 168 aa  99.4  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  34.18 
 
 		 176 aa  98.2  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  31.43 
 
 		 170 aa  88.6  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  30.43 
 
 		 174 aa  85.9  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  32.88 
 
 		 185 aa  85.5  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  32.2 
 
 		 212 aa  85.1  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  29.66 
 
 		 154 aa  84.3  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  33.12 
 
 		 160 aa  84  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  32.08 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  33.74 
 
 		 194 aa  76.6  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  29.63 
 
 		 174 aa  76.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  32.32 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  32.88 
 
 		 169 aa  72.8  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  31.01 
 
 		 161 aa  72.4  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  30.41 
 
 		 170 aa  72  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  27.85 
 
 		 166 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  27.22 
 
 		 168 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  27.74 
 
 		 168 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  27.22 
 
 		 168 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  27.39 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  27.39 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  27.74 
 
 		 168 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  27.01 
 
 		 179 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  30.32 
 
 		 166 aa  63.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  31.85 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  28.3 
 
 		 165 aa  63.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  32.32 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  25.32 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  25.45 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  32.32 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  27.27 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  25.45 
 
 		 168 aa  62.8  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  30.46 
 
 		 167 aa  62.4  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  24.32 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  26.25 
 
 		 175 aa  60.8  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  20.73 
 
 		 174 aa  60.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  31.52 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  26.79 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  27.1 
 
 		 166 aa  59.3  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  30.94 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  27.61 
 
 		 177 aa  59.3  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  32.85 
 
 		 175 aa  57.8  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  28.85 
 
 		 165 aa  57.8  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  31.52 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  31.52 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  23.56 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  30.22 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09670  transcription antitermination protein nusG  30.57 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00365981  hitchhiker  0.0000231337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  29.58 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  29.29 
 
 		 175 aa  55.1  0.0000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  29.08 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  25.32 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  25.32 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0444  transcription antitermination protein NusG  29.66 
 
 		 176 aa  54.3  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00370515  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  25.32 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  30.28 
 
 		 176 aa  53.9  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  25.32 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  25.32 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  25.32 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  28.17 
 
 		 185 aa  53.9  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  30.94 
 
 		 176 aa  53.9  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  25.32 
 
 		 162 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  25.32 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  25.32 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  25.32 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  26.04 
 
 		 173 aa  54.3  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  28.87 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  30.28 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  31.68 
 
 		 173 aa  53.9  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  26 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  25.85 
 
 		 167 aa  53.1  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3997  transcription termination/antitermination factor NusG  30 
 
 		 177 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.183871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  30 
 
 		 177 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1322  NusG antitermination factor  33.09 
 
 		 173 aa  52.8  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  27.86 
 
 		 201 aa  52.8  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  28.78 
 
 		 176 aa  53.1  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1668  transcription antitermination protein NusG  28.67 
 
 		 176 aa  52.8  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0130356  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  30.28 
 
 		 176 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1492  NusG antitermination factor  27.97 
 
 		 178 aa  53.1  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.509367  normal  0.372591 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  30.28 
 
 		 176 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  30.28 
 
 		 176 aa  52.8  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  30 
 
 		 177 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  30.94 
 
 		 175 aa  52.4  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  30.07 
 
 		 185 aa  52.8  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4014  transcription antitermination protein NusG  31.64 
 
 		 217 aa  52.4  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0690629  hitchhiker  0.000000338783 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  27.69 
 
 		 174 aa  52  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  29.1 
 
 		 182 aa  52.4  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  28.57 
 
 		 177 aa  52  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000110912  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  28.57 
 
 		 177 aa  52  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  28.77 
 
 		 184 aa  52  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  30.28 
 
 		 175 aa  52  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  30.2 
 
 		 176 aa  52  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1041  NusG antitermination factor  29.56 
 
 		 209 aa  52  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.0043552  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>