219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1171 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  100 
 
 		 446 aa  912    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  69.28 
 
 		 441 aa  633  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  67.66 
 
 		 440 aa  621  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  65.47 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  65.47 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  65.47 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  65.47 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  65.76 
 
 		 441 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  65.99 
 
 		 441 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  64.94 
 
 		 441 aa  588  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  66.36 
 
 		 447 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  65.97 
 
 		 447 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  65.97 
 
 		 447 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  61.21 
 
 		 455 aa  538  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  60.18 
 
 		 448 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  43.64 
 
 		 446 aa  360  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  44.47 
 
 		 449 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  44.25 
 
 		 479 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  43.64 
 
 		 441 aa  325  7e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  42.26 
 
 		 454 aa  325  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  42.79 
 
 		 443 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  42.27 
 
 		 447 aa  316  6e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  41.72 
 
 		 444 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  43.2 
 
 		 444 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  42.55 
 
 		 444 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  41.67 
 
 		 422 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  41.5 
 
 		 425 aa  306  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  42.76 
 
 		 444 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  41.87 
 
 		 421 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  41.65 
 
 		 421 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  43.47 
 
 		 448 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  41.28 
 
 		 427 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  40 
 
 		 444 aa  300  5e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  38.91 
 
 		 448 aa  292  7e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  41.72 
 
 		 444 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  41.56 
 
 		 444 aa  286  5e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  41.45 
 
 		 452 aa  286  5.999999999999999e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  37.75 
 
 		 435 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  36.63 
 
 		 431 aa  268  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  38.44 
 
 		 438 aa  266  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  38.63 
 
 		 417 aa  264  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  36.85 
 
 		 435 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  36.94 
 
 		 427 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  37.28 
 
 		 415 aa  258  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  36.94 
 
 		 427 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  35.8 
 
 		 445 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  38.19 
 
 		 452 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  39.06 
 
 		 414 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  35.73 
 
 		 445 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  35.96 
 
 		 429 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  37.59 
 
 		 452 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  35.91 
 
 		 420 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  35.99 
 
 		 420 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  35.06 
 
 		 421 aa  242  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  35.99 
 
 		 420 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  36.08 
 
 		 409 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  33.7 
 
 		 423 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  34.98 
 
 		 421 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  35.02 
 
 		 429 aa  240  5e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  34.09 
 
 		 422 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  34.79 
 
 		 429 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  34.45 
 
 		 467 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  34.6 
 
 		 421 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  34.56 
 
 		 429 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  34.7 
 
 		 417 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  37.03 
 
 		 416 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  34.69 
 
 		 439 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  35.57 
 
 		 409 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  35.36 
 
 		 468 aa  232  8.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  34.93 
 
 		 425 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  34.97 
 
 		 472 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  34.7 
 
 		 417 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  36.08 
 
 		 416 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  34.89 
 
 		 421 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  35.98 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  34.45 
 
 		 433 aa  231  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  34.88 
 
 		 439 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  34.72 
 
 		 425 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  32.78 
 
 		 413 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  34.74 
 
 		 433 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  33.11 
 
 		 419 aa  229  9e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  34.67 
 
 		 439 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  33.64 
 
 		 411 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  34.67 
 
 		 439 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  34.3 
 
 		 416 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  35.53 
 
 		 428 aa  225  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  32.96 
 
 		 433 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  33.26 
 
 		 420 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  33.26 
 
 		 420 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  32.07 
 
 		 412 aa  223  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  33.57 
 
 		 433 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  34.94 
 
 		 418 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  32.58 
 
 		 418 aa  221  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  33.8 
 
 		 429 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  33.49 
 
 		 418 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  33.63 
 
 		 412 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  33.63 
 
 		 412 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  33.18 
 
 		 422 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  33.63 
 
 		 412 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  33.77 
 
 		 431 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>