106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4576 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1019  porin B  70.07 
 
 		 447 aa  659    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  79.95 
 
 		 444 aa  736    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 453 aa  939    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  69.84 
 
 		 447 aa  657    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  79.26 
 
 		 444 aa  731    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  70.14 
 
 		 447 aa  657    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  79.86 
 
 		 444 aa  728    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  77.63 
 
 		 448 aa  726    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  68.71 
 
 		 447 aa  649    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  64.51 
 
 		 453 aa  615  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  64.08 
 
 		 453 aa  615  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  64.72 
 
 		 454 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  64.27 
 
 		 454 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  64.64 
 
 		 452 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  64.19 
 
 		 452 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  62.61 
 
 		 448 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  44.24 
 
 		 456 aa  340  4e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  44.24 
 
 		 456 aa  340  4e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  43.71 
 
 		 456 aa  337  3.9999999999999995e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  36.11 
 
 		 455 aa  246  8e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  36.11 
 
 		 455 aa  246  8e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  35.89 
 
 		 454 aa  245  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  31.28 
 
 		 482 aa  209  9e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  32.27 
 
 		 417 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  32.88 
 
 		 422 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  32.65 
 
 		 422 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  32.43 
 
 		 422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  32.7 
 
 		 396 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  33.91 
 
 		 425 aa  191  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  28.36 
 
 		 446 aa  179  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  32.07 
 
 		 501 aa  177  5e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  32.58 
 
 		 417 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  30.6 
 
 		 440 aa  162  8.000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  28.71 
 
 		 510 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  27.25 
 
 		 476 aa  138  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  28.12 
 
 		 509 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  28.3 
 
 		 534 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  25.24 
 
 		 512 aa  124  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  28.78 
 
 		 534 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  25.52 
 
 		 485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  26.47 
 
 		 483 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  26.76 
 
 		 498 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  27.29 
 
 		 488 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  26.64 
 
 		 534 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 494 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  27.25 
 
 		 502 aa  109  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  26.05 
 
 		 504 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  26.05 
 
 		 504 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  26.05 
 
 		 504 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  26.05 
 
 		 504 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  26.05 
 
 		 504 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  26.05 
 
 		 504 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  26.05 
 
 		 504 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  24.66 
 
 		 486 aa  107  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  26.42 
 
 		 502 aa  106  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 		 492 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  26.06 
 
 		 507 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  25.19 
 
 		 481 aa  104  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  25.42 
 
 		 514 aa  103  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  24.72 
 
 		 495 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  26.23 
 
 		 480 aa  102  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  27.87 
 
 		 478 aa  101  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  24.5 
 
 		 493 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  24.72 
 
 		 490 aa  100  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  24.28 
 
 		 514 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  24.28 
 
 		 514 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  24.19 
 
 		 449 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  26.23 
 
 		 474 aa  97.1  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  25.54 
 
 		 446 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  25.73 
 
 		 522 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  23.92 
 
 		 444 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  26.74 
 
 		 481 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  25.96 
 
 		 490 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  26.2 
 
 		 490 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  22.75 
 
 		 464 aa  70.9  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  22.85 
 
 		 462 aa  69.7  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  24.88 
 
 		 452 aa  66.6  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  24.78 
 
 		 480 aa  65.5  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  24.07 
 
 		 452 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  22.55 
 
 		 434 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  24.34 
 
 		 459 aa  59.7  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  19.85 
 
 		 473 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  24.75 
 
 		 477 aa  57  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  22.14 
 
 		 391 aa  56.2  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  23.79 
 
 		 492 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  24.16 
 
 		 486 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  27.75 
 
 		 499 aa  52.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  21.92 
 
 		 467 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  22.15 
 
 		 476 aa  53.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  22.68 
 
 		 486 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  22.68 
 
 		 486 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  22.07 
 
 		 703 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  23.94 
 
 		 469 aa  50.4  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  23.89 
 
 		 253 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  22.68 
 
 		 494 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  22.68 
 
 		 481 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  31.91 
 
 		 464 aa  50.4  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2751  carbohydrate-selective porin OprB  22.61 
 
 		 446 aa  49.7  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.202947  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  22.01 
 
 		 476 aa  49.7  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  23.37 
 
 		 471 aa  48.5  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>