51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A0411 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  100 
 
 		 499 aa  1026    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  72.92 
 
 		 492 aa  688    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  62.28 
 
 		 476 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  67.31 
 
 		 482 aa  585  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  67.31 
 
 		 482 aa  585  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  62.61 
 
 		 482 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  51.66 
 
 		 478 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  47.96 
 
 		 437 aa  396  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  42.86 
 
 		 494 aa  359  7e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  41.94 
 
 		 471 aa  349  8e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  40.51 
 
 		 472 aa  344  2.9999999999999997e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  41.63 
 
 		 462 aa  342  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  42.57 
 
 		 446 aa  340  4e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  38.68 
 
 		 498 aa  333  5e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  42.58 
 
 		 501 aa  330  5.0000000000000004e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.78 
 
 		 490 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  38.08 
 
 		 498 aa  326  7e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  42.23 
 
 		 693 aa  322  8e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  40.14 
 
 		 674 aa  315  8e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  42.14 
 
 		 670 aa  312  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  40.43 
 
 		 665 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  38 
 
 		 662 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  38.35 
 
 		 598 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  40.65 
 
 		 724 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.77 
 
 		 661 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  37.99 
 
 		 692 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  41.03 
 
 		 689 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.1 
 
 		 710 aa  299  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  37.47 
 
 		 680 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  39.13 
 
 		 703 aa  291  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  38.37 
 
 		 703 aa  290  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  38.25 
 
 		 703 aa  288  2e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  36.46 
 
 		 458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  38.89 
 
 		 708 aa  281  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  30.48 
 
 		 471 aa  186  6e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  30.87 
 
 		 473 aa  184  3e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  54.17 
 
 		 116 aa  81.3  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  24.59 
 
 		 490 aa  65.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  27.75 
 
 		 453 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  24.49 
 
 		 469 aa  49.7  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  29.08 
 
 		 456 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  29.08 
 
 		 456 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  23.38 
 
 		 476 aa  48.5  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  22.76 
 
 		 467 aa  47.8  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  27.78 
 
 		 444 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  25.42 
 
 		 444 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  26.32 
 
 		 456 aa  47  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  27.74 
 
 		 482 aa  45.8  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  25.49 
 
 		 448 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  27.78 
 
 		 444 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  23.08 
 
 		 476 aa  43.9  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>