More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1214 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  644    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  81.79 
 
 		 314 aa  545  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  66.24 
 
 		 316 aa  448  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  67.43 
 
 		 315 aa  443  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  62.95 
 
 		 336 aa  413  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 314 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  59.16 
 
 		 314 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  58.97 
 
 		 316 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  58.65 
 
 		 317 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  60.45 
 
 		 314 aa  380  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 329 aa  374  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 329 aa  376  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 329 aa  347  2e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.43 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.12 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 297 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 299 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.08 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  37.14 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.91 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 299 aa  162  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.01 
 
 		 300 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 314 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 321 aa  159  6e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.7 
 
 		 300 aa  158  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 331 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.87 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 301 aa  156  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 315 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 316 aa  156  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 319 aa  155  8e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  32.15 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 432 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  31.97 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 326 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 307 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  30.03 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 326 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 309 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  32.25 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  32.25 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 313 aa  148  9e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>