More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0617 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  60.76 
 
 		 690 aa  838    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2380  RecQ domain-containing protein  61.04 
 
 		 654 aa  838    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.29 
 
 		 641 aa  651    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5409  ATP-dependent DNA helicase domain protein  51.21 
 
 		 642 aa  661    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.274257  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  62.78 
 
 		 662 aa  851    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4948  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.57 
 
 		 649 aa  687    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0275  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.07 
 
 		 642 aa  663    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0919838 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1455  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.01 
 
 		 651 aa  712    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.865636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0011  putative ATP-dependent DNA helicase  50.75 
 
 		 639 aa  669    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.78 
 
 		 662 aa  853    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002717  aTP-dependent DNA helicase RecQ family  50.7 
 
 		 641 aa  645    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0407  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.52 
 
 		 653 aa  639    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.255198  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.63 
 
 		 662 aa  852    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2292  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.21 
 
 		 645 aa  671    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114874  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.27 
 
 		 646 aa  718    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1322  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.22 
 
 		 664 aa  637    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0577384  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2025  ATP-dependent DNA helicase RecQ  61.38 
 
 		 659 aa  852    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256994  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  62.82 
 
 		 679 aa  848    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0617  ATP-dependent DNA helicase RecQ  100 
 
 		 681 aa  1412    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1946  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.9 
 
 		 658 aa  850    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.937169  normal  0.260337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2030  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.54 
 
 		 665 aa  848    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.371966 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03262  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.85 
 
 		 641 aa  654    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1924  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family protein  56.75 
 
 		 669 aa  751    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0369  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.32 
 
 		 642 aa  674    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  63.09 
 
 		 662 aa  858    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2318  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  52.04 
 
 		 648 aa  672    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0019664  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1999  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.29 
 
 		 658 aa  840    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3396  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  48.27 
 
 		 636 aa  624  1e-177  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2051  superfamily II DNA/RNA helicase  38.4 
 
 		 637 aa  422  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000195113  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1036  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.04 
 
 		 709 aa  306  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1065  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.04 
 
 		 709 aa  304  3.0000000000000004e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0060  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.32 
 
 		 617 aa  298  2e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.48 
 
 		 617 aa  298  2e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  43.02 
 
 		 716 aa  297  6e-79  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0326  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.21 
 
 		 626 aa  295  2e-78  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.149933  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1427  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.38 
 
 		 709 aa  295  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06400  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.95 
 
 		 626 aa  294  3e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0297  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.66 
 
 		 725 aa  294  4e-78  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.68 
 
 		 607 aa  292  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1056  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  32.61 
 
 		 584 aa  291  3e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3264  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.49 
 
 		 731 aa  288  2e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1075  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  32.87 
 
 		 632 aa  288  2.9999999999999996e-76  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035291 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1951  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.05 
 
 		 729 aa  288  2.9999999999999996e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1667  ATP-requiring DNA helicase RecQ  43.73 
 
 		 615 aa  288  2.9999999999999996e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3822  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.04 
 
 		 615 aa  287  4e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1413  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.92 
 
 		 594 aa  287  5e-76  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2541  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  43.09 
 
 		 646 aa  286  1.0000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0694576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0041  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.47 
 
 		 615 aa  286  1.0000000000000001e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00446699  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2808  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.59 
 
 		 705 aa  285  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1991  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.2 
 
 		 593 aa  285  2.0000000000000002e-75  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4553  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.32 
 
 		 864 aa  284  5.000000000000001e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.87 
 
 		 599 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.33 
 
 		 599 aa  282  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2304  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.48 
 
 		 602 aa  283  1e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0083  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.26 
 
 		 615 aa  282  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0072  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.92 
 
 		 674 aa  281  2e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.234386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.16 
 
 		 601 aa  281  3e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.48 
 
 		 610 aa  281  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1902  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  33.77 
 
 		 630 aa  281  4e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0469  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.88 
 
 		 607 aa  280  5e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.28 
 
 		 608 aa  280  6e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0900  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.01 
 
 		 605 aa  280  7e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.586975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.38 
 
 		 603 aa  279  9e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1920  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.91 
 
 		 563 aa  280  9e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000199537  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0884  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.32 
 
 		 595 aa  280  9e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.385904  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2696  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.88 
 
 		 718 aa  279  1e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.820222 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1919  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.6 
 
 		 706 aa  279  1e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77164  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0011  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.04 
 
 		 793 aa  279  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00580778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0888  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.03 
 
 		 595 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0053  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.5 
 
 		 619 aa  279  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3602  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.35 
 
 		 737 aa  278  2e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.436547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0035  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.07 
 
 		 707 aa  278  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.142382  normal  0.0608085 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0224  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.07 
 
 		 611 aa  278  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.99 
 
 		 608 aa  278  3e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0333  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.86 
 
 		 607 aa  278  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0383  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.88 
 
 		 607 aa  277  4e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0838  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.75 
 
 		 527 aa  277  4e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0409  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.88 
 
 		 607 aa  277  6e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000268253 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.88 
 
 		 607 aa  277  6e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0366  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.81 
 
 		 607 aa  276  6e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.88 
 
 		 607 aa  276  7e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4552  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.23 
 
 		 608 aa  276  7e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0514  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.74 
 
 		 599 aa  276  8e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0391  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.69 
 
 		 607 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000840098 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4797  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.59 
 
 		 590 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1262  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  31.58 
 
 		 634 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2618  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.9 
 
 		 705 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00666767  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.12 
 
 		 592 aa  275  3e-72  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5963  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.72 
 
 		 736 aa  275  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.765409 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.81 
 
 		 607 aa  274  3e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1165  hypothetical protein  44.07 
 
 		 724 aa  274  4.0000000000000004e-72  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.402826 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2380  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.65 
 
 		 596 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212665  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0242  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.99 
 
 		 607 aa  274  5.000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2543  ATP-dependent DNA helicase Q  43.6 
 
 		 705 aa  273  6e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.15 
 
 		 707 aa  273  6e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3763  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.81 
 
 		 607 aa  273  6e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228349 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0775  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.33 
 
 		 733 aa  273  7e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0328  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.24 
 
 		 721 aa  273  7e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2842  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.6 
 
 		 705 aa  273  8.000000000000001e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0115008  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4296  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.92 
 
 		 715 aa  273  8.000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0839194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>