More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3759 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
226 aa  466  9.999999999999999e-131  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  43.11 
 
 
228 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  43.17 
 
 
228 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  44.6 
 
 
229 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  41.83 
 
 
230 aa  138  6e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  36.87 
 
 
236 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  37.32 
 
 
223 aa  123  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  36.82 
 
 
237 aa  121  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  33.49 
 
 
241 aa  116  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  30.45 
 
 
221 aa  113  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  32.03 
 
 
244 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  35.27 
 
 
226 aa  109  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.02 
 
 
222 aa  109  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  33.48 
 
 
237 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  34.76 
 
 
230 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  30.6 
 
 
239 aa  107  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  35.42 
 
 
223 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  35.21 
 
 
234 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  35.21 
 
 
234 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.65 
 
 
226 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.32 
 
 
211 aa  103  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  29.82 
 
 
239 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.74 
 
 
225 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.7 
 
 
243 aa  102  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.72 
 
 
195 aa  101  8e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.25 
 
 
243 aa  99.8  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  32.22 
 
 
235 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  32.22 
 
 
235 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
231 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
231 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
231 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  31.53 
 
 
229 aa  98.2  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  32.78 
 
 
190 aa  98.2  9e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.22 
 
 
209 aa  98.2  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
231 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
222 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2611  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.08 
 
 
184 aa  97.1  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.81 
 
 
200 aa  96.7  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.68 
 
 
229 aa  95.9  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.41 
 
 
200 aa  95.1  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  30.37 
 
 
226 aa  95.1  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.6 
 
 
174 aa  94.4  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.8 
 
 
208 aa  92.8  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.57 
 
 
223 aa  92.8  4e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3743  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.52 
 
 
177 aa  92  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  31.75 
 
 
285 aa  92  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.75 
 
 
288 aa  92  7e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3620  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.52 
 
 
177 aa  92  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.52 
 
 
202 aa  91.7  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3552  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 
177 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492938 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.98 
 
 
177 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
211 aa  91.3  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2320  RNA polymerase sigma-24 factor, putative  28.96 
 
 
213 aa  90.1  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.213027  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2630  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.7 
 
 
186 aa  90.1  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0312805  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2486  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.84 
 
 
202 aa  90.9  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2942  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.64 
 
 
192 aa  90.5  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00874185  normal  0.936687 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.87 
 
 
292 aa  89  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.73 
 
 
201 aa  88.6  7e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1613  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.61 
 
 
221 aa  88.6  8e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
199 aa  87.8  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  30.2 
 
 
223 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.46 
 
 
193 aa  87.8  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
189 aa  87.8  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
199 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  28.89 
 
 
183 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.24 
 
 
199 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.24 
 
 
199 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.24 
 
 
199 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.43 
 
 
211 aa  85.9  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
199 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.24 
 
 
199 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
199 aa  85.9  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
199 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
199 aa  85.9  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.24 
 
 
199 aa  85.9  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
199 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
199 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.24 
 
 
199 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.24 
 
 
199 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.82 
 
 
196 aa  85.9  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
392 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.24 
 
 
199 aa  85.1  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.83 
 
 
196 aa  85.5  7e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.9 
 
 
211 aa  85.1  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0706  RNA polymerase sigma factor  30.21 
 
 
232 aa  85.1  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.438313  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.69 
 
 
199 aa  84.7  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  30.69 
 
 
213 aa  85.1  9e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.79 
 
 
192 aa  84.7  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.56 
 
 
224 aa  84.3  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.35313  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
199 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.57 
 
 
193 aa  83.6  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  30.89 
 
 
233 aa  84  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  32.12 
 
 
218 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.72 
 
 
215 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.15 
 
 
222 aa  84  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.54 
 
 
194 aa  83.6  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.8 
 
 
198 aa  84  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.14 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4167  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.12 
 
 
205 aa  83.2  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.209234  normal  0.395118 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.32 
 
 
224 aa  83.2  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>