More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3148 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  100 
 
 		 1017 aa  2054    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  42.15 
 
 		 576 aa  414  1e-114  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.35 
 
 		 531 aa  248  4e-64  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.43 
 
 		 552 aa  240  1e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  28.57 
 
 		 567 aa  238  5.0000000000000005e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.68 
 
 		 556 aa  237  1.0000000000000001e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  32.44 
 
 		 552 aa  236  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  27.86 
 
 		 546 aa  236  2.0000000000000002e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  29.35 
 
 		 568 aa  234  8.000000000000001e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.97 
 
 		 548 aa  228  4e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.27 
 
 		 550 aa  226  1e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  31.91 
 
 		 544 aa  222  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.92 
 
 		 553 aa  221  5e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.23 
 
 		 562 aa  221  6e-56  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.86 
 
 		 592 aa  217  9.999999999999999e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  31.57 
 
 		 551 aa  216  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  39.51 
 
 		 530 aa  213  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.81 
 
 		 539 aa  213  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.46 
 
 		 509 aa  212  3e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  37.71 
 
 		 533 aa  210  9e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  37.71 
 
 		 533 aa  209  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  40.32 
 
 		 330 aa  209  3e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  28.77 
 
 		 584 aa  208  4e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  32.29 
 
 		 558 aa  208  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  37.26 
 
 		 532 aa  208  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  30.27 
 
 		 538 aa  207  6e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  35.73 
 
 		 511 aa  207  8e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  32.14 
 
 		 558 aa  206  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.93 
 
 		 573 aa  206  2e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  27.01 
 
 		 547 aa  205  4e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  32.61 
 
 		 561 aa  204  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  35.85 
 
 		 534 aa  204  5e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.94 
 
 		 610 aa  204  5e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  40.63 
 
 		 330 aa  204  6e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.99 
 
 		 573 aa  204  6e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.6 
 
 		 510 aa  204  7e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26 
 
 		 573 aa  204  7e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  40.32 
 
 		 330 aa  203  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  36 
 
 		 542 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.62 
 
 		 573 aa  201  6e-50  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  40.51 
 
 		 330 aa  201  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  35.42 
 
 		 509 aa  200  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  34.44 
 
 		 534 aa  199  3e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.9 
 
 		 594 aa  198  5.000000000000001e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  33.84 
 
 		 520 aa  197  6e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  33.84 
 
 		 520 aa  197  6e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  33.84 
 
 		 520 aa  197  6e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  33.79 
 
 		 507 aa  197  1e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  31.88 
 
 		 513 aa  196  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  30.93 
 
 		 559 aa  196  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.33 
 
 		 522 aa  195  4e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  33.48 
 
 		 551 aa  195  4e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.91 
 
 		 506 aa  194  5e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  32.26 
 
 		 550 aa  194  6e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  26.13 
 
 		 546 aa  194  9e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  30.57 
 
 		 559 aa  192  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  35.56 
 
 		 527 aa  192  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  29.83 
 
 		 545 aa  192  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  30.99 
 
 		 566 aa  191  4e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  35.09 
 
 		 535 aa  190  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  35.65 
 
 		 552 aa  189  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  27.55 
 
 		 532 aa  189  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  30.98 
 
 		 554 aa  188  4e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  34.64 
 
 		 513 aa  187  6e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  29.68 
 
 		 546 aa  187  8e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.73 
 
 		 592 aa  187  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  35.15 
 
 		 574 aa  186  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  33.07 
 
 		 534 aa  187  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  33.62 
 
 		 517 aa  186  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  27.3 
 
 		 530 aa  186  2.0000000000000003e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  29.07 
 
 		 546 aa  186  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  36.07 
 
 		 539 aa  185  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  29.43 
 
 		 551 aa  186  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  37.35 
 
 		 535 aa  185  4.0000000000000006e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  31.46 
 
 		 570 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  31.87 
 
 		 508 aa  184  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  32.63 
 
 		 532 aa  185  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  36.78 
 
 		 514 aa  184  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  33.4 
 
 		 552 aa  184  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  33.9 
 
 		 552 aa  183  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  33.19 
 
 		 552 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  28.44 
 
 		 584 aa  182  4e-44  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  39.88 
 
 		 522 aa  182  4e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  27.84 
 
 		 584 aa  181  5.999999999999999e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  34.85 
 
 		 513 aa  181  8e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  30.33 
 
 		 567 aa  180  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  28.75 
 
 		 562 aa  180  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  33.68 
 
 		 512 aa  179  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  40.36 
 
 		 532 aa  179  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  31.13 
 
 		 568 aa  178  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  34.29 
 
 		 519 aa  177  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  29.55 
 
 		 571 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  26.01 
 
 		 533 aa  176  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  31.04 
 
 		 563 aa  175  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  33.68 
 
 		 553 aa  174  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  30.4 
 
 		 531 aa  174  9e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  37.24 
 
 		 507 aa  173  2e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  33.61 
 
 		 572 aa  172  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  38.07 
 
 		 622 aa  170  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  26.93 
 
 		 584 aa  170  1e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>