105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1957 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 410 aa  817    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  27.27 
 
 		 388 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  26.88 
 
 		 410 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  25.49 
 
 		 399 aa  96.7  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 400 aa  92.8  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  28.77 
 
 		 386 aa  87.8  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  30.29 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 396 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  25.47 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  28.02 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  28.47 
 
 		 346 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  26.51 
 
 		 347 aa  73.2  0.000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  29.77 
 
 		 370 aa  71.2  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  28.73 
 
 		 367 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  29.47 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  26.67 
 
 		 347 aa  68.2  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  28.68 
 
 		 367 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  28.2 
 
 		 367 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4067  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 125 aa  67.8  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.563451 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  25.98 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  26.21 
 
 		 342 aa  67.8  0.0000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  28.36 
 
 		 359 aa  66.6  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  30.32 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  27.6 
 
 		 362 aa  65.1  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  26.3 
 
 		 355 aa  64.7  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  33.1 
 
 		 286 aa  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  23.66 
 
 		 257 aa  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  27.56 
 
 		 352 aa  63.5  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  25.89 
 
 		 366 aa  62  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  27.03 
 
 		 357 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  28.08 
 
 		 355 aa  61.2  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  32.47 
 
 		 182 aa  59.3  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  25.6 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  27.17 
 
 		 383 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  35.71 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  24.86 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 229 aa  57  0.0000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  29.38 
 
 		 177 aa  55.8  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  32.07 
 
 		 390 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  24.34 
 
 		 251 aa  55.5  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  25.4 
 
 		 366 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  25.09 
 
 		 395 aa  53.9  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  45.9 
 
 		 112 aa  53.5  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  27.81 
 
 		 415 aa  53.9  0.000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  31.03 
 
 		 375 aa  53.1  0.000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  29.46 
 
 		 370 aa  53.1  0.000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 122 aa  52.4  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  25.57 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  27.76 
 
 		 349 aa  51.6  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 205 aa  51.2  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  25.9 
 
 		 356 aa  51.2  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  29.8 
 
 		 383 aa  51.2  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  25.28 
 
 		 349 aa  51.2  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  28.46 
 
 		 393 aa  50.8  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2248  hypothetical protein  31.25 
 
 		 356 aa  50.4  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0302018  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  25.58 
 
 		 355 aa  50.4  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  27.34 
 
 		 370 aa  50.1  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  34.92 
 
 		 235 aa  49.7  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  24.71 
 
 		 382 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  33 
 
 		 139 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  25.61 
 
 		 356 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  26.34 
 
 		 386 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 118 aa  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  32.17 
 
 		 175 aa  47  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0883  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 116 aa  47  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3420  transcriptional regulator, XRE family  54.17 
 
 		 78 aa  47  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.964582 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  25.34 
 
 		 372 aa  46.6  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 152 aa  47  0.0007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 106 aa  46.6  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  21.57 
 
 		 399 aa  46.6  0.0009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  28.99 
 
 		 173 aa  46.2  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  26.09 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  25.1 
 
 		 393 aa  45.8  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 115 aa  45.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2566  hypothetical protein  29.92 
 
 		 285 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.673339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 190 aa  45.1  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  26.23 
 
 		 372 aa  45.1  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0050  protein of unknown function DUF955  37.04 
 
 		 160 aa  45.4  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000733414 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 466 aa  45.4  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  25 
 
 		 404 aa  45.4  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 120 aa  45.1  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  31.71 
 
 		 299 aa  44.7  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  26.67 
 
 		 209 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  25.23 
 
 		 401 aa  44.7  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  32.95 
 
 		 474 aa  44.3  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  30.89 
 
 		 299 aa  44.3  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  23.57 
 
 		 378 aa  44.3  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  30.12 
 
 		 147 aa  44.3  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  30.89 
 
 		 299 aa  44.3  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 176 aa  44.3  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  32.63 
 
 		 163 aa  44.3  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 88 aa  43.9  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  26.78 
 
 		 174 aa  43.9  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  42.11 
 
 		 476 aa  43.9  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  27.82 
 
 		 363 aa  43.9  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0887  hypothetical protein  32.52 
 
 		 168 aa  43.9  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102968  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 139 aa  43.9  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  33.65 
 
 		 173 aa  43.5  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2342  transcriptional regulator, XRE family  32.41 
 
 		 279 aa  43.9  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000474992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 187 aa  43.9  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>