41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4250 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  100 
 
 		 378 aa  783    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  42.71 
 
 		 377 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  35.71 
 
 		 388 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 410 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  25.61 
 
 		 362 aa  61.2  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  25 
 
 		 399 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  26.2 
 
 		 386 aa  58.2  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  24.76 
 
 		 410 aa  54.7  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  22.4 
 
 		 415 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  27.46 
 
 		 273 aa  53.5  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  29.33 
 
 		 188 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  34.31 
 
 		 286 aa  51.2  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 396 aa  50.8  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  30.34 
 
 		 390 aa  49.7  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  29.84 
 
 		 175 aa  49.3  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  22.67 
 
 		 394 aa  49.3  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  31.35 
 
 		 177 aa  48.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  24.74 
 
 		 352 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  35 
 
 		 251 aa  47.8  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 400 aa  47.4  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  23.98 
 
 		 355 aa  47.4  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  24.23 
 
 		 356 aa  46.6  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1747  protein of unknown function DUF955  27.13 
 
 		 381 aa  46.6  0.0008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124074  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  23.83 
 
 		 372 aa  45.8  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  30.17 
 
 		 174 aa  45.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  22.83 
 
 		 352 aa  45.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  25 
 
 		 359 aa  45.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1348  hypothetical protein  31.33 
 
 		 142 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  25.47 
 
 		 272 aa  44.7  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  29.88 
 
 		 173 aa  44.3  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  22.86 
 
 		 366 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  28 
 
 		 355 aa  44.3  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  31.53 
 
 		 372 aa  43.9  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  25.31 
 
 		 349 aa  43.5  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  22.09 
 
 		 376 aa  43.9  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0909  hypothetical protein  26.56 
 
 		 221 aa  43.5  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  32.35 
 
 		 182 aa  43.5  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  26.67 
 
 		 357 aa  43.5  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  25.68 
 
 		 356 aa  43.1  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4601  hypothetical protein  39.68 
 
 		 255 aa  42.7  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4623  hypothetical protein  39.68 
 
 		 255 aa  42.7  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>