More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0406 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  100 
 
 		 332 aa  677    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  51.46 
 
 		 321 aa  324  1e-87  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.19 
 
 		 335 aa  295  9e-79  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.23 
 
 		 338 aa  294  2e-78  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  46.33 
 
 		 338 aa  291  8e-78  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.44 
 
 		 331 aa  290  2e-77  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.46 
 
 		 331 aa  278  1e-73  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  45.31 
 
 		 333 aa  277  2e-73  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.95 
 
 		 359 aa  271  1e-71  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.69 
 
 		 333 aa  268  8e-71  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.39 
 
 		 333 aa  268  1e-70  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.38 
 
 		 333 aa  267  2e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.36 
 
 		 328 aa  267  2e-70  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.4 
 
 		 331 aa  265  1e-69  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.03 
 
 		 331 aa  263  3e-69  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  41.67 
 
 		 481 aa  248  1e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  41.16 
 
 		 286 aa  246  4e-64  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  40.3 
 
 		 503 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  40.3 
 
 		 475 aa  243  3.9999999999999997e-63  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  44.22 
 
 		 302 aa  239  6.999999999999999e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  42.53 
 
 		 484 aa  238  9e-62  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  40.97 
 
 		 411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  43.11 
 
 		 282 aa  228  1e-58  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  43.65 
 
 		 251 aa  222  7e-57  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  42.56 
 
 		 322 aa  221  9e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  40.61 
 
 		 295 aa  222  9e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  44.22 
 
 		 299 aa  220  3e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  39.53 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  39.94 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  40 
 
 		 310 aa  205  8e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  38.13 
 
 		 299 aa  199  7e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  36.62 
 
 		 343 aa  197  3e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  36.84 
 
 		 233 aa  159  6e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  34.92 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  34.9 
 
 		 292 aa  129  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  34.92 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  30.51 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  30 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  33.09 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  32.18 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  34.32 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  34.51 
 
 		 299 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  34.36 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  32.06 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  33.67 
 
 		 293 aa  116  6e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  34.19 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  32.18 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  32.06 
 
 		 309 aa  115  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  30.33 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  30.58 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  32.87 
 
 		 322 aa  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  32.07 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  32.37 
 
 		 310 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  31.75 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  31.7 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  33.09 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  32.01 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  31.32 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  32.7 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  32.08 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  31.54 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  31.37 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  30.9 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  32.73 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  31.32 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  32.73 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  33.21 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  31.7 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  31.9 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  32.73 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  28.06 
 
 		 317 aa  109  7.000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  31.32 
 
 		 307 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  39.59 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  31.32 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  31.7 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  31.32 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  35.82 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  33.11 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  30.03 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  33.47 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  34.98 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  30.57 
 
 		 307 aa  107  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  28.14 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  33.85 
 
 		 412 aa  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2813  tRNA pseudouridine synthase B  37.32 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  36.76 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  32.78 
 
 		 318 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  28.81 
 
 		 318 aa  106  5e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  33.87 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  30.94 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  35.16 
 
 		 314 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  32.81 
 
 		 387 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  33.06 
 
 		 294 aa  106  6e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  32.94 
 
 		 354 aa  105  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  30.93 
 
 		 302 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  29.35 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  31.84 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  30.93 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>