More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2537 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 280 aa  554  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  58.97 
 
 		 284 aa  317  1e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  57.5 
 
 		 280 aa  288  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  56.32 
 
 		 278 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  56.67 
 
 		 285 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  56.67 
 
 		 280 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  55.93 
 
 		 283 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  56.3 
 
 		 279 aa  277  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  52.69 
 
 		 284 aa  276  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  52.69 
 
 		 289 aa  276  3e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  51.25 
 
 		 292 aa  270  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  58.46 
 
 		 278 aa  269  4e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  56.62 
 
 		 278 aa  265  7e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  51.44 
 
 		 279 aa  264  1e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  56.04 
 
 		 277 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  52.03 
 
 		 282 aa  263  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  56.79 
 
 		 290 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  52.17 
 
 		 285 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  56.25 
 
 		 288 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 286 aa  257  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 286 aa  256  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  58.93 
 
 		 282 aa  255  5e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 285 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  57.5 
 
 		 287 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  50.38 
 
 		 278 aa  237  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  50.38 
 
 		 279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 279 aa  232  5e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  46.62 
 
 		 276 aa  231  8.000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 		 278 aa  230  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  52.92 
 
 		 278 aa  228  8e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 		 279 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  44.09 
 
 		 291 aa  218  1e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  48.91 
 
 		 292 aa  215  7e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  50.37 
 
 		 283 aa  209  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  47.79 
 
 		 282 aa  210  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  52.04 
 
 		 276 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  43.98 
 
 		 289 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  44.77 
 
 		 274 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.98 
 
 		 284 aa  159  5e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  41.91 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  41.91 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 277 aa  156  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  41 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 		 271 aa  154  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  42.34 
 
 		 290 aa  152  8e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.91 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  40.32 
 
 		 279 aa  149  5e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.15 
 
 		 275 aa  148  9e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  36.57 
 
 		 280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 		 273 aa  145  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 		 360 aa  144  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.69 
 
 		 280 aa  144  2e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  34.89 
 
 		 275 aa  143  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 301 aa  142  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 298 aa  142  6e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 		 273 aa  141  9e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 271 aa  139  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 269 aa  139  4.999999999999999e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  37.26 
 
 		 270 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 275 aa  138  8.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  39.26 
 
 		 274 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.82 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  33.58 
 
 		 274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 		 274 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  41.31 
 
 		 269 aa  135  6.0000000000000005e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.89 
 
 		 308 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  39.03 
 
 		 275 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  40.23 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 272 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 272 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.69 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>