More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0097 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_0097  30S ribosomal protein S3P  100 
 
 
240 aa  484  1e-136  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000179661  unclonable  0.000000500549 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1772  ribosomal protein S3  67.87 
 
 
229 aa  311  3.9999999999999997e-84  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0007  30S ribosomal protein S3P  42.08 
 
 
304 aa  177  1e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000452289  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0104  30S ribosomal protein S3P  43.17 
 
 
311 aa  177  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190261  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1722  30S ribosomal protein S3P  44.81 
 
 
276 aa  176  2e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1834  30S ribosomal protein S3P  41.76 
 
 
317 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.42538 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2224  ribosomal protein S3  43.58 
 
 
317 aa  172  2.9999999999999996e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2298  30S ribosomal protein S3P  43.02 
 
 
326 aa  171  1e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0570  30S ribosomal protein S3P  44.81 
 
 
234 aa  170  2e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.172392  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0216  ribosomal protein S3  43.58 
 
 
335 aa  170  2e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0488  ribosomal protein S3  45.3 
 
 
187 aa  169  3e-41  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2247  30S ribosomal protein S3P  42.08 
 
 
237 aa  169  4e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000824007  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2443  30S ribosomal protein S3P  39.29 
 
 
312 aa  169  5e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0448  30S ribosomal protein S3P  42.62 
 
 
234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0404742  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0087  30S ribosomal protein S3P  43.72 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.370765 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0538  30S ribosomal protein S3P  41.11 
 
 
231 aa  161  1e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.172805  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1389  30S ribosomal protein S3P  40.3 
 
 
208 aa  158  7e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0174  30S ribosomal protein S3P  37.82 
 
 
211 aa  158  9e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.000147825  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1515  ribosomal protein S3  42.86 
 
 
237 aa  155  4e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  6.05815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0649  30S ribosomal protein S3P  37.16 
 
 
211 aa  154  1e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0000037377  hitchhiker  0.000300079 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0553  30S ribosomal protein S3P  43.22 
 
 
220 aa  154  1e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1269  30S ribosomal protein S3P  37.16 
 
 
211 aa  153  2e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000000296825  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1729  30S ribosomal protein S3P  44.09 
 
 
217 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0715  30S ribosomal protein S3P  37.7 
 
 
211 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0204211  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0747  30S ribosomal protein S3P  40.67 
 
 
224 aa  151  1e-35  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.641836  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0769  30S ribosomal protein S3P  43.01 
 
 
222 aa  146  3e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0804  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 
251 aa  141  9e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5079 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0907  30S ribosomal protein S3P  40.88 
 
 
236 aa  134  9.999999999999999e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82366  predicted protein  35.09 
 
 
242 aa  92  8e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0437402 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33660  predicted protein  29.95 
 
 
253 aa  90.1  3e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.83302  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA01060  ribosomal protein S3, putative  29.79 
 
 
252 aa  88.2  1e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.229597  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49305  Ribosomal protein S3, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  31.49 
 
 
231 aa  86.7  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0399938  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2901  ribosomal protein S3  32.97 
 
 
250 aa  87  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  32.78 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  32.78 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  36.09 
 
 
240 aa  83.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2613  30S ribosomal protein S3  30.95 
 
 
253 aa  82.4  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00358822  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  32.8 
 
 
226 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  33.73 
 
 
233 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0809  30S ribosomal protein S3  33.53 
 
 
224 aa  78.6  0.00000000000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.232608  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  32.76 
 
 
226 aa  78.6  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  34.32 
 
 
235 aa  78.6  0.00000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  33.73 
 
 
223 aa  77.8  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0334  ribosomal protein S3  32.42 
 
 
233 aa  78.2  0.0000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.385043  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04087  hypothetical protein similar to 40s ribosomal protein s3 (Eurofung)  26.78 
 
 
264 aa  77  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.110828  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1932  30S ribosomal protein S3  32.57 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 
236 aa  77  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  33.73 
 
 
232 aa  77.4  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 
236 aa  77  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  34.32 
 
 
244 aa  77  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  33.33 
 
 
236 aa  77.4  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  31.32 
 
 
230 aa  77  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0725  30S ribosomal protein S3  31.32 
 
 
227 aa  76.6  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000305587  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0343  ribosomal protein S3  32.42 
 
 
227 aa  76.6  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000438385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1848  SSU ribosomal protein S3P  32.42 
 
 
227 aa  76.6  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00165537  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1861  30S ribosomal protein S3  30 
 
 
248 aa  76.6  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.10507  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  32.54 
 
 
231 aa  76.3  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  32.14 
 
 
252 aa  76.3  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  34.1 
 
 
226 aa  76.3  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
229 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  32.28 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  31.18 
 
 
256 aa  75.9  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  32.28 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  33.14 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  33.14 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  33.14 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
229 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1846  30S ribosomal protein S3  33.13 
 
 
226 aa  75.5  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00843492  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  30.41 
 
 
261 aa  75.5  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  34.32 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1568  ribosomal protein S3  29.63 
 
 
238 aa  75.5  0.0000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000461215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  33.14 
 
 
232 aa  75.5  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  31.95 
 
 
229 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  31.38 
 
 
223 aa  75.5  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  30.99 
 
 
295 aa  75.5  0.0000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370528 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  32.53 
 
 
211 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
210 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  31.95 
 
 
229 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  34.34 
 
 
237 aa  74.7  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
228 aa  74.7  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  33.14 
 
 
232 aa  74.3  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  33.14 
 
 
228 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  32.16 
 
 
271 aa  75.1  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  32.54 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  33.14 
 
 
228 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0180544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>