More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1932 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1932  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 246 aa  493  9.999999999999999e-139  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0391  30S ribosomal protein S3  66.14 
 
 		 252 aa  340  1e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1153  30S ribosomal protein S3  68.09 
 
 		 246 aa  333  1e-90  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000018962  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05745  putative 30S ribosomal protein S3  67.76 
 
 		 236 aa  312  2.9999999999999996e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0959126  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0608  ribosomal protein S3  68.78 
 
 		 285 aa  311  4.999999999999999e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  62.34 
 
 		 302 aa  310  1e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  62.88 
 
 		 275 aa  309  2.9999999999999997e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3156  30S ribosomal protein S3  59.92 
 
 		 254 aa  305  3e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.65741 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0191  30S ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 240 aa  288  5.0000000000000004e-77  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.339095 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1621  ribosomal protein S3  67.57 
 
 		 266 aa  283  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  60 
 
 		 249 aa  277  1e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  57.27 
 
 		 232 aa  261  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  56.83 
 
 		 232 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  56.83 
 
 		 232 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  57.33 
 
 		 231 aa  259  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  55.37 
 
 		 236 aa  259  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  62.62 
 
 		 218 aa  259  3e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 235 aa  258  7e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  56.89 
 
 		 231 aa  257  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  58.1 
 
 		 210 aa  257  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  54.78 
 
 		 223 aa  255  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  52.87 
 
 		 236 aa  254  6e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  52.87 
 
 		 236 aa  254  7e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  52.87 
 
 		 236 aa  254  7e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  58.29 
 
 		 226 aa  252  5.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0297  30S ribosomal protein S3  55.81 
 
 		 222 aa  251  8.000000000000001e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.5955900000000001e-28 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 218 aa  250  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  54.22 
 
 		 225 aa  249  3e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0064  30S ribosomal protein S3  57.62 
 
 		 217 aa  248  5e-65  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00697995  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 219 aa  248  6e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2396  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 217 aa  248  6e-65  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0132783  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 211 aa  248  7e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  54.67 
 
 		 243 aa  248  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 210 aa  248  9e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 211 aa  247  1e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  54.67 
 
 		 243 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  58.29 
 
 		 220 aa  247  1e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  57.94 
 
 		 249 aa  247  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 210 aa  247  1e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 225 aa  247  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 211 aa  246  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 211 aa  246  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  53.98 
 
 		 229 aa  246  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  53.98 
 
 		 229 aa  246  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  54.87 
 
 		 229 aa  246  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  55.14 
 
 		 237 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  55.61 
 
 		 236 aa  246  3e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  48.57 
 
 		 236 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 210 aa  245  4.9999999999999997e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  48.57 
 
 		 236 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1901  30S ribosomal protein S3  57.14 
 
 		 217 aa  245  4.9999999999999997e-64  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.563087  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  53.54 
 
 		 229 aa  245  6e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 221 aa  244  6e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  52.81 
 
 		 252 aa  244  6.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  49.79 
 
 		 235 aa  243  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 233 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 223 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  51.05 
 
 		 239 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  54.88 
 
 		 226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 240 aa  243  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 232 aa  243  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  53.54 
 
 		 229 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  55.07 
 
 		 214 aa  241  7e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 219 aa  241  7e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  52.65 
 
 		 229 aa  241  7e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  51.72 
 
 		 232 aa  241  7e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 232 aa  241  7.999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  53.6 
 
 		 239 aa  241  9e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  54.33 
 
 		 228 aa  241  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  54.17 
 
 		 251 aa  240  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  54.33 
 
 		 220 aa  240  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  55.34 
 
 		 234 aa  240  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 226 aa  241  1e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  55.5 
 
 		 234 aa  240  1e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  56.02 
 
 		 228 aa  239  2e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 233 aa  239  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  52.94 
 
 		 241 aa  240  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  55.07 
 
 		 233 aa  239  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  53.12 
 
 		 235 aa  240  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 233 aa  239  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0725  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 227 aa  239  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000305587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>