More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0002 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
380 aa  763  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  52.37 
 
 
376 aa  389  1e-107  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.88302e-11  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.05 
 
 
378 aa  375  1e-103  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.51 
 
 
378 aa  347  2e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.67002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.74 
 
 
381 aa  346  3e-94  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  46.72 
 
 
379 aa  345  8e-94  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.46 
 
 
379 aa  344  2e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  46.46 
 
 
379 aa  343  3e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.46 
 
 
379 aa  343  3e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.46 
 
 
379 aa  343  3e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.77 
 
 
378 aa  342  8e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.19 
 
 
379 aa  340  2e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  46.19 
 
 
379 aa  340  2e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  46.74 
 
 
381 aa  339  4e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.41772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  46.74 
 
 
381 aa  339  4e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.21 
 
 
381 aa  336  4e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  45.41 
 
 
377 aa  330  2e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.62 
 
 
377 aa  328  1e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.62 
 
 
377 aa  328  1e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.63 
 
 
378 aa  308  1e-82  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.73 
 
 
374 aa  294  1e-78  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  3.74529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  41.88 
 
 
378 aa  293  5e-78  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.67 
 
 
380 aa  288  2e-76  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.376275  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.54 
 
 
374 aa  243  4e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  36.39 
 
 
376 aa  241  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  8.41235e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.62 
 
 
365 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  36.13 
 
 
376 aa  240  4e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  36.13 
 
 
376 aa  239  6e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0623e-09 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  36.39 
 
 
376 aa  239  6e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  4.91978e-05 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  36.13 
 
 
376 aa  239  8e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  36.13 
 
 
376 aa  239  8e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  36.98 
 
 
376 aa  238  1e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  36.13 
 
 
376 aa  237  2e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.10658e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  35.6 
 
 
376 aa  235  1e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  35.08 
 
 
376 aa  229  7e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 
367 aa  224  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  34.13 
 
 
365 aa  218  2e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 
366 aa  214  2e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 
366 aa  214  2e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.36 
 
 
366 aa  213  3e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  32.54 
 
 
366 aa  213  5e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.07 
 
 
370 aa  213  5e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.81 
 
 
370 aa  213  6e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  33.42 
 
 
366 aa  211  1e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  32.47 
 
 
374 aa  199  9e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.26 
 
 
369 aa  195  9e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.44 
 
 
389 aa  195  9e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  31.04 
 
 
397 aa  195  1e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.51 
 
 
370 aa  194  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.29086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  30.69 
 
 
385 aa  192  6e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  30.53 
 
 
366 aa  192  1e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  30.61 
 
 
385 aa  191  1e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  33.42 
 
 
386 aa  189  5e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.44 
 
 
388 aa  187  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  32.9 
 
 
386 aa  187  4e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.1 
 
 
375 aa  184  2e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.05 
 
 
367 aa  181  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  29.68 
 
 
382 aa  177  2e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.84 
 
 
365 aa  176  4e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.24 
 
 
390 aa  176  7e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.92 
 
 
374 aa  176  8e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  1.16577e-06 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  31.34 
 
 
394 aa  175  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.29 
 
 
387 aa  175  1e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.21 
 
 
367 aa  173  3e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.71 
 
 
366 aa  173  4e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  30.34 
 
 
366 aa  173  5e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  29.85 
 
 
393 aa  173  6e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  29.85 
 
 
393 aa  173  6e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  2.81863e-09 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  31.59 
 
 
367 aa  170  5e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  30.1 
 
 
374 aa  169  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  5.79402e-05  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 
378 aa  169  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.94 
 
 
372 aa  168  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  26.84 
 
 
374 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  29.09 
 
 
372 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 
372 aa  168  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  28.98 
 
 
371 aa  167  3e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  29.61 
 
 
372 aa  166  4e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.23 
 
 
376 aa  166  5e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 
378 aa  164  2e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  5.12645e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  28.24 
 
 
378 aa  163  6e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.28167e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  27.72 
 
 
378 aa  162  1e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  3.28779e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
388 aa  160  4e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 
373 aa  160  5e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 
373 aa  159  6e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.63 
 
 
398 aa  159  9e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.77 
 
 
370 aa  159  9e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.27 
 
 
385 aa  159  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 
377 aa  159  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.27 
 
 
373 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.88 
 
 
398 aa  158  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.31 
 
 
366 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  25.63 
 
 
398 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.63 
 
 
398 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.91 
 
 
372 aa  157  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.19 
 
 
372 aa  157  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  25.63 
 
 
396 aa  157  3e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  28.65 
 
 
366 aa  157  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.79 
 
 
372 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.83 
 
 
372 aa  156  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.2 
 
 
385 aa  155  8e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>