More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_0002 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
380 aa  764    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.376275  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  54.47 
 
 
378 aa  415  9.999999999999999e-116  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.74 
 
 
378 aa  400  9.999999999999999e-111  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.67 
 
 
380 aa  288  2e-76  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.68 
 
 
377 aa  282  6.000000000000001e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.68 
 
 
377 aa  282  6.000000000000001e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  40.26 
 
 
377 aa  280  2e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.67 
 
 
378 aa  280  2e-74  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.32 
 
 
378 aa  271  1e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  39.63 
 
 
376 aa  265  8.999999999999999e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.96 
 
 
379 aa  265  1e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.96 
 
 
379 aa  265  1e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  37.96 
 
 
379 aa  263  3e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  37.96 
 
 
379 aa  263  3e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.96 
 
 
379 aa  263  4e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  37.7 
 
 
379 aa  262  8.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.7 
 
 
379 aa  262  8.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  37.24 
 
 
381 aa  260  3e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  37.24 
 
 
381 aa  260  3e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.39 
 
 
378 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.24 
 
 
381 aa  256  4e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.2 
 
 
381 aa  255  8e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.99 
 
 
374 aa  253  4.0000000000000004e-66  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.98 
 
 
374 aa  218  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  33.94 
 
 
376 aa  207  3e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  33.25 
 
 
376 aa  203  4e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  0.0000491978 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  32.38 
 
 
376 aa  203  5e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  32.29 
 
 
376 aa  202  6e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  32.03 
 
 
376 aa  202  7e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000810658  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  32.11 
 
 
376 aa  202  7e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000841235  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  32.11 
 
 
376 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000020623 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  32.11 
 
 
376 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  31.94 
 
 
376 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  31.94 
 
 
376 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.5 
 
 
370 aa  192  8e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.89 
 
 
366 aa  178  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.43 
 
 
370 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.64 
 
 
365 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.77 
 
 
367 aa  170  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 
366 aa  164  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 
366 aa  164  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 
366 aa  162  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.89 
 
 
370 aa  151  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.32 
 
 
367 aa  150  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 
367 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  28.09 
 
 
374 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  27.13 
 
 
377 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 
376 aa  146  6e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.86 
 
 
372 aa  146  6e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.46 
 
 
367 aa  145  9e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  26.17 
 
 
366 aa  144  3e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.24 
 
 
366 aa  144  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00540998  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.12 
 
 
372 aa  144  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.03 
 
 
376 aa  144  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.38 
 
 
361 aa  143  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000320383  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.57 
 
 
389 aa  142  7e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
372 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
372 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  26.82 
 
 
372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.97 
 
 
375 aa  140  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  26.04 
 
 
372 aa  139  6e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  25.84 
 
 
377 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.37 
 
 
369 aa  138  2e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000352181 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.09 
 
 
369 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.04 
 
 
372 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  26.87 
 
 
378 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  26.99 
 
 
378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  26.3 
 
 
372 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  26.32 
 
 
372 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.63 
 
 
366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.08 
 
 
366 aa  133  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.06 
 
 
365 aa  133  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.19 
 
 
373 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.71 
 
 
385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.75 
 
 
372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.82 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  26.23 
 
 
378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.12 
 
 
365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.02 
 
 
397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.75 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.1 
 
 
372 aa  130  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 
366 aa  130  4.0000000000000003e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.54 
 
 
374 aa  129  8.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.53 
 
 
365 aa  129  8.000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 
366 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.21 
 
 
385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.78 
 
 
372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.27 
 
 
366 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.5 
 
 
388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.75 
 
 
372 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.04 
 
 
387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  25.39 
 
 
369 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  26.12 
 
 
366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.36 
 
 
373 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 
373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0002  DNA-directed DNA polymerase  28.61 
 
 
409 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.94 
 
 
373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  26.2 
 
 
386 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.08 
 
 
386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>