More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jann_2474 on replicon NC_007802
Organism: Jannaschia sp. CCS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
181 aa  360  6e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  56.17 
 
 
173 aa  186  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.29 
 
 
179 aa  186  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.06 
 
 
197 aa  183  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.21 
 
 
180 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.56 
 
 
180 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
180 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  40.35 
 
 
189 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.03 
 
 
201 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  45.06 
 
 
189 aa  131  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.77 
 
 
204 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  42.95 
 
 
192 aa  127  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  42.95 
 
 
192 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.51 
 
 
217 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  40.51 
 
 
235 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.31 
 
 
192 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.24 
 
 
220 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.65 
 
 
192 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 
219 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  40.25 
 
 
181 aa  123  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  41.51 
 
 
202 aa  123  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.57 
 
 
221 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  39.18 
 
 
217 aa  123  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  41.14 
 
 
192 aa  123  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.43 
 
 
217 aa  122  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  40.88 
 
 
181 aa  122  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.1 
 
 
174 aa  119  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.52 
 
 
205 aa  119  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.6 
 
 
198 aa  118  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.04 
 
 
197 aa  115  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  39.62 
 
 
193 aa  114  6e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.99 
 
 
193 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  39.87 
 
 
179 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  38.99 
 
 
193 aa  111  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.89 
 
 
199 aa  108  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  32.95 
 
 
204 aa  106  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.81 
 
 
201 aa  105  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  36.97 
 
 
217 aa  102  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.76 
 
 
224 aa  96.7  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.73 
 
 
241 aa  89.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  31.28 
 
 
242 aa  85.1  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.17 
 
 
242 aa  84.7  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  37.42 
 
 
311 aa  82.4  0.000000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  28.88 
 
 
268 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.28 
 
 
259 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.19 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.93 
 
 
267 aa  75.1  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  36.6 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  32.68 
 
 
418 aa  68.9  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1823  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 
88 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565643  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 
84 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4010  cold-shock protein CspD  40 
 
 
88 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0979489 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3414  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 
83 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0959818 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.83 
 
 
288 aa  67.4  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.63 
 
 
249 aa  67  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  28.96 
 
 
310 aa  65.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  44.26 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.5 
 
 
210 aa  64.7  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  46.97 
 
 
66 aa  63.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
67 aa  64.3  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.71 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
70 aa  63.2  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  40 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000256327  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  62.4  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 
67 aa  62.4  0.000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
66 aa  61.6  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  45.16 
 
 
67 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  45.16 
 
 
67 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  45.16 
 
 
67 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  37.14 
 
 
70 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  45.16 
 
 
67 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2041  hypothetical protein  44.29 
 
 
69 aa  61.6  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  45.16 
 
 
67 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  45.16 
 
 
67 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  45.16 
 
 
67 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
66 aa  61.6  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2463  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.75 
 
 
89 aa  61.2  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.843644 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  40.98 
 
 
67 aa  61.2  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3185  cold-shock protein, DNA-binding  40.3 
 
 
92 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal  0.149852 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  60.8  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  60.8  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 
67 aa  60.8  0.000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
67 aa  60.8  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  38.57 
 
 
70 aa  61.2  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  38.57 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.98 
 
 
72 aa  60.1  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
68 aa  60.5  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
68 aa  60.5  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 
68 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28290  cold shock protein, CspD  35.38 
 
 
92 aa  60.5  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1074  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.12 
 
 
68 aa  60.8  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0836241  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.71 
 
 
70 aa  60.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
66 aa  60.5  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
67 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  43.55 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
67 aa  59.7  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 
67 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>