More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_1550 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
192 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  98.96 
 
 
192 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.9 
 
 
192 aa  344  5e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  84.38 
 
 
192 aa  342  2e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.88 
 
 
193 aa  277  8e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  67.36 
 
 
193 aa  273  9e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  66.84 
 
 
193 aa  270  8.000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  70 
 
 
217 aa  268  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  63.37 
 
 
217 aa  268  4e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  70.86 
 
 
235 aa  265  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.05 
 
 
221 aa  264  5e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  70.29 
 
 
219 aa  264  7e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.71 
 
 
220 aa  263  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.1 
 
 
217 aa  260  8e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.6 
 
 
197 aa  254  6e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.99 
 
 
201 aa  251  6e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  68.6 
 
 
181 aa  247  6e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  63.78 
 
 
189 aa  247  6e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.62 
 
 
204 aa  247  9e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  66.88 
 
 
202 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  67.5 
 
 
181 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  62.87 
 
 
179 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.85 
 
 
192 aa  224  8e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  65 
 
 
189 aa  210  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.43 
 
 
205 aa  185  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.15 
 
 
199 aa  182  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.26 
 
 
201 aa  152  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.85 
 
 
198 aa  135  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.95 
 
 
181 aa  127  9.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.38 
 
 
197 aa  121  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.04 
 
 
174 aa  119  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.53 
 
 
179 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  37.64 
 
 
204 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.22 
 
 
180 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.22 
 
 
180 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.14 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  38.22 
 
 
173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  34.5 
 
 
217 aa  97.1  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.98 
 
 
224 aa  92.8  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.02 
 
 
241 aa  92  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  32.39 
 
 
242 aa  90.9  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.46 
 
 
242 aa  91.3  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.62 
 
 
179 aa  90.1  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  34.19 
 
 
311 aa  85.9  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.27 
 
 
259 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  28.93 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.5 
 
 
267 aa  82  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  27.64 
 
 
279 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.95 
 
 
249 aa  77.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  28.19 
 
 
310 aa  76.6  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  32.68 
 
 
418 aa  75.5  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  48.28 
 
 
70 aa  73.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.27 
 
 
288 aa  73.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  32.48 
 
 
317 aa  72.8  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  40.3 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 
70 aa  68.9  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  68.2  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  37.31 
 
 
70 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.68 
 
 
69 aa  67  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 
67 aa  67.4  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
67 aa  67  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  40.3 
 
 
70 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
70 aa  66.6  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  39.13 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12737  predicted protein  45 
 
 
71 aa  66.2  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 
70 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.3 
 
 
71 aa  65.5  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.16 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  38.81 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.55 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.55 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  38.24 
 
 
71 aa  65.1  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  38.24 
 
 
71 aa  64.7  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  37.68 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 
71 aa  64.7  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  38.81 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>