More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2142 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
217 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  90.78 
 
 
217 aa  414  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.72 
 
 
220 aa  361  4e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  78.73 
 
 
217 aa  359  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  79.37 
 
 
219 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.28 
 
 
221 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  80.66 
 
 
235 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  68.33 
 
 
192 aa  268  4e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.89 
 
 
192 aa  261  6.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  61.88 
 
 
192 aa  260  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  65.1 
 
 
192 aa  260  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  67.46 
 
 
189 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.31 
 
 
204 aa  250  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.05 
 
 
193 aa  249  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  67.05 
 
 
193 aa  248  6e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  66.48 
 
 
193 aa  245  3e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.52 
 
 
201 aa  244  9e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  65.09 
 
 
202 aa  244  9e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.42 
 
 
192 aa  243  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  65.09 
 
 
181 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  65.68 
 
 
181 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.95 
 
 
197 aa  233  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  61.05 
 
 
189 aa  217  8.999999999999998e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  58.08 
 
 
179 aa  215  5e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.21 
 
 
199 aa  186  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.83 
 
 
205 aa  186  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.85 
 
 
201 aa  149  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.44 
 
 
198 aa  137  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.75 
 
 
174 aa  125  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.43 
 
 
181 aa  122  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  37.57 
 
 
204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
197 aa  106  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.71 
 
 
179 aa  104  9e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  34.97 
 
 
173 aa  102  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  35.75 
 
 
217 aa  99.4  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
180 aa  99  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.33 
 
 
180 aa  99  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.72 
 
 
180 aa  95.9  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  32.77 
 
 
242 aa  94  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.4 
 
 
242 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.73 
 
 
224 aa  92.8  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
241 aa  88.2  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.9 
 
 
259 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.01 
 
 
267 aa  85.5  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  27.69 
 
 
268 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.18 
 
 
288 aa  79  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.03 
 
 
249 aa  78.6  0.00000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.77 
 
 
179 aa  77  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  31.85 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  28.72 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  29.87 
 
 
317 aa  68.6  0.00000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  27.5 
 
 
418 aa  65.1  0.0000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  46.55 
 
 
70 aa  64.3  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.9 
 
 
210 aa  64.3  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
67 aa  63.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  39.68 
 
 
67 aa  63.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  38.03 
 
 
83 aa  63.2  0.000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  37.31 
 
 
70 aa  62.8  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.81 
 
 
69 aa  62  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  43.1 
 
 
69 aa  62  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 
67 aa  62  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 
67 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 
67 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 
67 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  45.76 
 
 
68 aa  61.6  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
67 aa  61.2  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  40.3 
 
 
69 aa  61.6  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  38.81 
 
 
69 aa  61.2  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.32 
 
 
68 aa  61.2  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  39.06 
 
 
81 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 
67 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 
67 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  39.06 
 
 
81 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 
67 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  43.1 
 
 
69 aa  60.8  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 
67 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  38.81 
 
 
69 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  38.81 
 
 
69 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 
68 aa  60.1  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  38.81 
 
 
69 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.82 
 
 
70 aa  60.1  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  38.81 
 
 
69 aa  60.1  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  38.81 
 
 
69 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  38.81 
 
 
69 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>