More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1788 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  100 
 
 
173 aa  349  8.999999999999999e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.21 
 
 
180 aa  210  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
180 aa  208  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
180 aa  208  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  56 
 
 
179 aa  201  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.17 
 
 
181 aa  186  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.09 
 
 
197 aa  180  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.1 
 
 
201 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.25 
 
 
204 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  38.51 
 
 
189 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.42 
 
 
205 aa  114  7.999999999999999e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  38.18 
 
 
181 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  35.98 
 
 
189 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  37.58 
 
 
202 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  38.22 
 
 
192 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  37.65 
 
 
235 aa  110  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  38.22 
 
 
192 aa  110  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.65 
 
 
198 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  37.58 
 
 
181 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.42 
 
 
220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.09 
 
 
174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.97 
 
 
192 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  37.74 
 
 
192 aa  109  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.48 
 
 
192 aa  108  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  36.77 
 
 
179 aa  108  5e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  36.77 
 
 
219 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.53 
 
 
221 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.03 
 
 
217 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.51 
 
 
193 aa  106  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  37.95 
 
 
193 aa  106  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  35.67 
 
 
217 aa  104  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  37.89 
 
 
193 aa  103  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.13 
 
 
199 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.97 
 
 
217 aa  102  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.5 
 
 
197 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  33.33 
 
 
204 aa  100  8e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.02 
 
 
201 aa  99.4  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.95 
 
 
241 aa  92.8  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  33.73 
 
 
217 aa  90.1  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.52 
 
 
224 aa  85.5  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  29.12 
 
 
242 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.19 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.63 
 
 
249 aa  73.9  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.9 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  32.08 
 
 
311 aa  72  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.74 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  27.46 
 
 
268 aa  68.2  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.29 
 
 
267 aa  67  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  29.57 
 
 
310 aa  66.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000256327  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  26.63 
 
 
279 aa  65.1  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 
84 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3185  cold-shock protein, DNA-binding  40.3 
 
 
92 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal  0.149852 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  30.2 
 
 
317 aa  61.2  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  31.54 
 
 
418 aa  61.2  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3414  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 
83 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0959818 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1823  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 
88 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565643  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4010  cold-shock protein CspD  39.06 
 
 
88 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0979489 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  39.13 
 
 
70 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  27.1 
 
 
288 aa  60.5  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3013  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
65 aa  60.1  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000213425  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  40.62 
 
 
68 aa  60.5  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.68 
 
 
70 aa  59.7  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28290  cold shock protein, CspD  37.5 
 
 
92 aa  59.3  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 
67 aa  58.5  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2395  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.62 
 
 
89 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.80282  normal  0.0844989 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 
67 aa  58.5  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
67 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 
67 aa  58.2  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1446  cold-shock family protein  31.76 
 
 
105 aa  58.2  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.215876  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2212  cold shock-like protein CspD  43.75 
 
 
73 aa  58.5  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0732526  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.31 
 
 
67 aa  58.2  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 
67 aa  58.2  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3854  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.81 
 
 
69 aa  58.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.260503  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 
66 aa  58.2  0.00000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 
67 aa  58.2  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1952  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 
77 aa  57.8  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  38.1 
 
 
69 aa  57.8  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 
87 aa  57.8  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000103728 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 
67 aa  57.4  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30200  cold-shock protein CspD  37.5 
 
 
90 aa  57.4  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  37.88 
 
 
67 aa  57  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  40.3 
 
 
66 aa  57  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1564  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.62 
 
 
68 aa  57  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0747165  normal  0.986392 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  37.88 
 
 
67 aa  57  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.13 
 
 
69 aa  57  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 
68 aa  57  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2585  cold shock domain-containing protein CspD  37.5 
 
 
90 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169981  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
66 aa  57  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  40.62 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 
67 aa  57  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.13 
 
 
69 aa  57  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0810  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.03 
 
 
69 aa  57  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.75 
 
 
69 aa  57.4  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 
67 aa  57  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  40.3 
 
 
70 aa  57  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
67 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.5 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.13 
 
 
69 aa  56.6  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>