More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3196 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 181 aa  367  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  92.27 
 
 		 202 aa  345  2e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  92.27 
 
 		 181 aa  343  6e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  84.27 
 
 		 189 aa  319  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.39 
 
 		 201 aa  317  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.27 
 
 		 204 aa  315  3e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.29 
 
 		 221 aa  255  3e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  72.12 
 
 		 219 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  71.08 
 
 		 235 aa  251  3e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  69.23 
 
 		 217 aa  250  7e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.48 
 
 		 220 aa  249  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  68.6 
 
 		 192 aa  247  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  68.71 
 
 		 192 aa  247  8e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  70.62 
 
 		 192 aa  246  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.86 
 
 		 192 aa  246  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.7 
 
 		 217 aa  245  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.68 
 
 		 217 aa  243  9.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 192 aa  239  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  62.5 
 
 		 193 aa  233  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.36 
 
 		 193 aa  231  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  61.93 
 
 		 193 aa  230  8.000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  62.92 
 
 		 189 aa  229  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.86 
 
 		 197 aa  228  5e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.08 
 
 		 205 aa  204  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  58.14 
 
 		 179 aa  202  2e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.37 
 
 		 199 aa  187  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.74 
 
 		 201 aa  153  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.24 
 
 		 198 aa  139  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.75 
 
 		 174 aa  130  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.25 
 
 		 181 aa  123  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.32 
 
 		 180 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.32 
 
 		 180 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.32 
 
 		 180 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.78 
 
 		 197 aa  114  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  38.18 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.79 
 
 		 179 aa  111  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  37.43 
 
 		 204 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.67 
 
 		 241 aa  93.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  31.67 
 
 		 242 aa  92  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.32 
 
 		 242 aa  91.3  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  31.58 
 
 		 217 aa  90.1  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.22 
 
 		 259 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.5 
 
 		 224 aa  87.8  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.14 
 
 		 267 aa  85.1  6e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.76 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.39 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  30.85 
 
 		 268 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.78 
 
 		 288 aa  82  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  30.41 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  30.82 
 
 		 418 aa  74.7  0.0000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  28.87 
 
 		 279 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  29.57 
 
 		 310 aa  74.3  0.0000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  42.03 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  42.03 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  42.03 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  32.69 
 
 		 317 aa  68.9  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  42.03 
 
 		 69 aa  68.9  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  40.58 
 
 		 69 aa  67.8  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  40.58 
 
 		 69 aa  67.8  0.00000000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  40.58 
 
 		 69 aa  67  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  40.58 
 
 		 69 aa  67  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  40.58 
 
 		 69 aa  67.4  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  40.58 
 
 		 69 aa  67  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  40.58 
 
 		 69 aa  67  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 		 67 aa  66.6  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  40.58 
 
 		 69 aa  65.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  40.58 
 
 		 69 aa  65.5  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  40.58 
 
 		 69 aa  65.5  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.54 
 
 		 67 aa  65.5  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0977  cold-shock DNA-binding family protein  48.15 
 
 		 69 aa  64.7  0.0000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.717834  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  39.13 
 
 		 69 aa  64.3  0.0000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  39.13 
 
 		 69 aa  64.3  0.0000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  42.62 
 
 		 67 aa  63.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>