More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2557 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
198 aa  397  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  46.43 
 
 
181 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  42.71 
 
 
202 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.06 
 
 
192 aa  142  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.06 
 
 
192 aa  140  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  46.06 
 
 
192 aa  140  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.3 
 
 
204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.06 
 
 
220 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.24 
 
 
199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  45.24 
 
 
181 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  45.06 
 
 
217 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  45.06 
 
 
189 aa  138  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.98 
 
 
193 aa  137  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 
217 aa  137  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 
221 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  45 
 
 
219 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 
201 aa  135  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  44.85 
 
 
192 aa  135  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  44.85 
 
 
192 aa  135  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  43.98 
 
 
193 aa  135  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 
235 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.3 
 
 
217 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.18 
 
 
197 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  43.46 
 
 
193 aa  132  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.11 
 
 
205 aa  131  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.12 
 
 
201 aa  128  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  40.96 
 
 
179 aa  124  7e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  41.98 
 
 
189 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.6 
 
 
181 aa  118  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.53 
 
 
180 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.53 
 
 
180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.53 
 
 
180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.99 
 
 
174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  37.65 
 
 
173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.94 
 
 
179 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.55 
 
 
197 aa  100  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  28.16 
 
 
204 aa  90.5  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30 
 
 
241 aa  84.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  29.7 
 
 
210 aa  82  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  32.08 
 
 
311 aa  81.6  0.000000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  28.73 
 
 
217 aa  79.7  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.73 
 
 
249 aa  79.3  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.15 
 
 
288 aa  78.2  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  34.57 
 
 
317 aa  76.6  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.92 
 
 
267 aa  74.7  0.0000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.71 
 
 
224 aa  73.6  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  33.96 
 
 
418 aa  71.6  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  51.56 
 
 
67 aa  70.9  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  28.65 
 
 
242 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.84 
 
 
197 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.32 
 
 
242 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  30.34 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  50.82 
 
 
68 aa  68.9  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.23 
 
 
179 aa  68.2  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  49.21 
 
 
204 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.98 
 
 
205 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1209  cold-shock domain-contain protein  43.37 
 
 
91 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953881  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  49.21 
 
 
203 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  46.88 
 
 
77 aa  67.4  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  45 
 
 
200 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  46.97 
 
 
69 aa  67.8  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  43.08 
 
 
68 aa  67.4  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 
67 aa  67.8  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 
67 aa  67.8  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  45.9 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0856  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000189352  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
197 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.267087  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
197 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  47.54 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1492  cold-shock protein DNA-binding  46.88 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192979  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1463  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302037  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  45.16 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3984  cold shock domain family protein  50 
 
 
73 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231003  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
83 aa  65.9  0.0000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1403  cold-shock protein, DNA-binding  50 
 
 
73 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.861967  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  40.91 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.13 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  40.58 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  39.39 
 
 
68 aa  65.1  0.0000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  47.54 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  40.58 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  40.91 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3079  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.48 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000105073  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.13 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  40.58 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  44.44 
 
 
67 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1232  cold shock protein CspA  40.91 
 
 
67 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000325579  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
66 aa  64.3  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 
67 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 
67 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  43.08 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 
67 aa  63.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>