More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_3010 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
201 aa  404  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  47.28 
 
 
189 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.85 
 
 
201 aa  158  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.05 
 
 
193 aa  158  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.99 
 
 
204 aa  157  8e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  45.7 
 
 
202 aa  157  9e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  46.77 
 
 
193 aa  157  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  45.7 
 
 
181 aa  156  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  46.24 
 
 
193 aa  154  7e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  45.45 
 
 
217 aa  153  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  45.79 
 
 
192 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  46.74 
 
 
181 aa  153  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.74 
 
 
220 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  45.26 
 
 
192 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  46.63 
 
 
192 aa  151  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.5 
 
 
205 aa  150  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.5 
 
 
217 aa  150  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.41 
 
 
221 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  45.41 
 
 
219 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  44.27 
 
 
235 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.85 
 
 
217 aa  149  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 
199 aa  148  7e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  43.68 
 
 
179 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.26 
 
 
192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.95 
 
 
192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  43.48 
 
 
189 aa  138  3.9999999999999997e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.3 
 
 
197 aa  138  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.12 
 
 
198 aa  128  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.21 
 
 
174 aa  123  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.14 
 
 
180 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.14 
 
 
180 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.68 
 
 
180 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.99 
 
 
197 aa  108  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.81 
 
 
181 aa  105  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.78 
 
 
179 aa  102  4e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  37.02 
 
 
173 aa  99.4  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  38.17 
 
 
204 aa  99.8  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36 
 
 
241 aa  87.4  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  31.52 
 
 
217 aa  79.7  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.62 
 
 
242 aa  78.2  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.54 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.54 
 
 
179 aa  75.9  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  34.97 
 
 
242 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
224 aa  75.5  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  29.81 
 
 
210 aa  71.6  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.25 
 
 
259 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.1 
 
 
267 aa  66.2  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3414  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
83 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0959818 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  29.9 
 
 
268 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  30.15 
 
 
279 aa  65.1  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.92 
 
 
288 aa  64.7  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  29.71 
 
 
311 aa  64.3  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4010  cold-shock protein CspD  43.33 
 
 
88 aa  62  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0979489 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1823  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 
88 aa  62  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565643  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2395  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 
89 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.80282  normal  0.0844989 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3355  cold shock domain family protein  44.44 
 
 
89 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196853  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 
84 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28290  cold shock protein, CspD  45 
 
 
92 aa  61.2  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2212  cold shock-like protein CspD  45.76 
 
 
73 aa  60.8  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0732526  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  43.33 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0493  hypothetical protein  38.89 
 
 
77 aa  59.7  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0469  hypothetical protein  36.11 
 
 
77 aa  58.9  0.00000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.37 
 
 
67 aa  58.5  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3185  cold-shock protein, DNA-binding  42.42 
 
 
92 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal  0.149852 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0712  cold shock-like protein CspD  44.44 
 
 
76 aa  58.2  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003958  cold shock protein CspD  40.68 
 
 
72 aa  58.2  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.25 
 
 
69 aa  58.2  0.00000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 
68 aa  58.2  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
67 aa  58.2  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01564  hypothetical protein  45.28 
 
 
79 aa  57.8  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.03 
 
 
69 aa  57.4  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30200  cold-shock protein CspD  41.67 
 
 
90 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2585  cold shock domain-containing protein CspD  41.67 
 
 
90 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169981  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 
67 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 
72 aa  56.6  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4924  cold-shock DNA-binding domain protein  48.39 
 
 
94 aa  56.6  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  42.62 
 
 
70 aa  56.6  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 
67 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  56.6  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  42.37 
 
 
67 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  42.37 
 
 
67 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  42.19 
 
 
65 aa  56.2  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.39 
 
 
67 aa  56.2  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  42.62 
 
 
66 aa  56.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  42.37 
 
 
67 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3186  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 
67 aa  56.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000014796  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  44.44 
 
 
281 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1074  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.17 
 
 
68 aa  56.6  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0836241  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 
67 aa  55.8  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02364  stress response protein CspD  41.54 
 
 
72 aa  55.8  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000164326  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 
66 aa  55.5  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 
68 aa  55.5  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.39 
 
 
68 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.55 
 
 
68 aa  55.5  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  39.13 
 
 
67 aa  55.5  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  39.39 
 
 
68 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  27.72 
 
 
310 aa  55.5  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.03 
 
 
67 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 
68 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.46 
 
 
66 aa  55.5  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>