More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4174 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
192 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  69.66 
 
 
189 aa  251  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  72.02 
 
 
217 aa  250  9.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  67.93 
 
 
235 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.48 
 
 
204 aa  248  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.35 
 
 
220 aa  248  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.74 
 
 
201 aa  248  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  67.78 
 
 
219 aa  247  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.33 
 
 
221 aa  246  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  71.95 
 
 
202 aa  245  3e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  72.56 
 
 
181 aa  245  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.42 
 
 
217 aa  243  9e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.39 
 
 
217 aa  242  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
181 aa  239  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  66.47 
 
 
192 aa  230  9e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.36 
 
 
197 aa  229  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64 
 
 
193 aa  227  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  63.43 
 
 
193 aa  225  4e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  59.78 
 
 
192 aa  224  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.07 
 
 
192 aa  224  7e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  64.85 
 
 
192 aa  224  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  62.86 
 
 
193 aa  222  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  60.34 
 
 
189 aa  221  6e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  58.28 
 
 
179 aa  203  1e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.11 
 
 
205 aa  189  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55 
 
 
199 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.95 
 
 
201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.06 
 
 
198 aa  142  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.36 
 
 
174 aa  130  9e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.65 
 
 
181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.62 
 
 
179 aa  112  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  36.48 
 
 
173 aa  108  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.16 
 
 
197 aa  107  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  38.76 
 
 
204 aa  106  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
180 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.94 
 
 
180 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.94 
 
 
180 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  35.22 
 
 
217 aa  99.4  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.5 
 
 
267 aa  96.3  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.31 
 
 
179 aa  96.7  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.73 
 
 
224 aa  91.7  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.09 
 
 
241 aa  90.5  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  31.82 
 
 
242 aa  87  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.73 
 
 
242 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.1 
 
 
249 aa  85.5  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.05 
 
 
259 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.26 
 
 
288 aa  82.4  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  36.54 
 
 
311 aa  82  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  31.72 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  46.38 
 
 
69 aa  74.3  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  73.2  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
68 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  32.68 
 
 
418 aa  73.6  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  44.93 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  44.93 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.77 
 
 
68 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  44.93 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 
68 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72.4  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72.4  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72.4  0.000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  43.37 
 
 
83 aa  72.4  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.62 
 
 
68 aa  72  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  72  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  44.93 
 
 
69 aa  72  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  33.99 
 
 
317 aa  72  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  43.48 
 
 
69 aa  71.2  0.000000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  71.2  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  44.93 
 
 
69 aa  71.2  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.38 
 
 
69 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
70 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  46.03 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.03 
 
 
72 aa  70.5  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  70.5  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  46.27 
 
 
70 aa  70.1  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0775  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150831  hitchhiker  0.000000000149768 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2279  cold-shock domain-contain protein  46.77 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000750079  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2156  cold-shock domain-contain protein  46.77 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000351487  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2438  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000000180609  unclonable  0.0000000000176576 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2568  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000063088  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  46.38 
 
 
69 aa  69.7  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0574  cold-shock domain-contain protein  46.77 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000358394  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1051  cold-shock domain-contain protein  46.77 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117316  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>