More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0551 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
189 aa  385  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  65.7 
 
 
189 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.86 
 
 
201 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  62.92 
 
 
181 aa  229  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.12 
 
 
204 aa  229  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  62.79 
 
 
217 aa  224  7e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.34 
 
 
192 aa  221  6e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.72 
 
 
220 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  59.55 
 
 
202 aa  218  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  63.91 
 
 
235 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  59.55 
 
 
181 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.05 
 
 
217 aa  217  7e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  63.69 
 
 
192 aa  216  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.72 
 
 
221 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  64.33 
 
 
193 aa  215  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  56.84 
 
 
219 aa  214  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.16 
 
 
193 aa  214  7e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.61 
 
 
217 aa  213  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  63.74 
 
 
193 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.27 
 
 
192 aa  210  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  65 
 
 
192 aa  210  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  65 
 
 
192 aa  210  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.63 
 
 
205 aa  207  7e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.76 
 
 
197 aa  203  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  54.44 
 
 
179 aa  194  7e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.17 
 
 
199 aa  179  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.48 
 
 
201 aa  138  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.35 
 
 
181 aa  133  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.25 
 
 
174 aa  126  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.98 
 
 
198 aa  120  9e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.18 
 
 
179 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.71 
 
 
197 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  35.98 
 
 
173 aa  112  5e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.93 
 
 
180 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.73 
 
 
180 aa  104  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.73 
 
 
180 aa  104  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  36.81 
 
 
204 aa  94  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.91 
 
 
224 aa  89.4  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  31.95 
 
 
217 aa  89  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.91 
 
 
179 aa  86.3  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.82 
 
 
267 aa  85.1  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  31.49 
 
 
311 aa  77.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  28.41 
 
 
242 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.38 
 
 
241 aa  77.4  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.65 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.87 
 
 
249 aa  75.1  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.8 
 
 
259 aa  74.7  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  27.23 
 
 
268 aa  74.7  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  26.63 
 
 
279 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  30.6 
 
 
418 aa  74.3  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  26.37 
 
 
281 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  26.84 
 
 
310 aa  70.5  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.43 
 
 
288 aa  68.2  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  47.62 
 
 
66 aa  67.4  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.44 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.39 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 
68 aa  65.5  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.44 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  39.13 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.91 
 
 
84 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  43.55 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  43.55 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  43.55 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  43.55 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  43.55 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  43.55 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  43.55 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000256327  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  63.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  63.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
67 aa  64.3  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  63.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  63.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  63.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  63.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 
68 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  39.06 
 
 
68 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  41.67 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 
67 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  63.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  63.2  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 
67 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  41.67 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 
68 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 
67 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  41.67 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  63.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.55 
 
 
67 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  38.81 
 
 
70 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 
67 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>