More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4038 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 217 aa  447  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.36 
 
 		 220 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.73 
 
 		 217 aa  359  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  81.28 
 
 		 219 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  80.09 
 
 		 217 aa  357  7e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  77.97 
 
 		 235 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.95 
 
 		 221 aa  354  5e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  70.56 
 
 		 192 aa  270  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  70 
 
 		 192 aa  268  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.51 
 
 		 192 aa  263  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 		 204 aa  262  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  68.89 
 
 		 192 aa  261  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  69.27 
 
 		 189 aa  260  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.96 
 
 		 201 aa  255  4e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  70.29 
 
 		 193 aa  251  5.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.6 
 
 		 193 aa  250  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  69.71 
 
 		 193 aa  249  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  69.81 
 
 		 202 aa  244  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  71.7 
 
 		 181 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  69.81 
 
 		 181 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.39 
 
 		 192 aa  242  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.17 
 
 		 197 aa  235  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  58.08 
 
 		 179 aa  216  2e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  56.61 
 
 		 189 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.21 
 
 		 199 aa  183  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.26 
 
 		 205 aa  179  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.5 
 
 		 201 aa  150  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.3 
 
 		 198 aa  134  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.51 
 
 		 181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.51 
 
 		 174 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.41 
 
 		 179 aa  111  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  39.64 
 
 		 204 aa  108  8.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  35.03 
 
 		 173 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.44 
 
 		 197 aa  106  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.59 
 
 		 180 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.59 
 
 		 180 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.53 
 
 		 180 aa  98.6  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  35.84 
 
 		 217 aa  96.7  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  32.77 
 
 		 242 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.14 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.4 
 
 		 242 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.77 
 
 		 267 aa  87  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.78 
 
 		 241 aa  86.3  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.9 
 
 		 259 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  28.21 
 
 		 268 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  32.68 
 
 		 311 aa  78.2  0.00000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.91 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.72 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.05 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  28.72 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  34.13 
 
 		 317 aa  68.9  0.00000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  43.24 
 
 		 83 aa  68.2  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  28.75 
 
 		 418 aa  67  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.77 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  45.9 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 		 67 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.16 
 
 		 67 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.16 
 
 		 69 aa  64.3  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  43.55 
 
 		 67 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 		 67 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  40.58 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  44.44 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  39.13 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  41.94 
 
 		 81 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 		 67 aa  63.2  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  41.94 
 
 		 81 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  63.2  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  37.68 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  37.68 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  37.68 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  43.94 
 
 		 66 aa  62.8  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 67 aa  62.8  0.000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 67 aa  62.8  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  46.67 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  45.16 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  48.28 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  45.16 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 		 72 aa  62  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 170 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>