More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2791 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
220 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.04 
 
 
221 aa  370  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  81.36 
 
 
217 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  82.67 
 
 
219 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.72 
 
 
217 aa  361  4e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  78.3 
 
 
235 aa  360  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  80.09 
 
 
217 aa  358  3e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.95 
 
 
192 aa  268  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  70.29 
 
 
192 aa  265  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  72.51 
 
 
192 aa  263  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  69.71 
 
 
192 aa  263  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.08 
 
 
204 aa  260  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  72.12 
 
 
189 aa  260  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.64 
 
 
201 aa  257  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  67.57 
 
 
193 aa  251  5.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.49 
 
 
193 aa  251  5.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  65.56 
 
 
202 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  70.48 
 
 
181 aa  249  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  67.03 
 
 
193 aa  249  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  69.28 
 
 
181 aa  248  4e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.35 
 
 
192 aa  248  5e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.16 
 
 
197 aa  238  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  58.72 
 
 
179 aa  221  4e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  62.72 
 
 
189 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.44 
 
 
199 aa  189  2.9999999999999997e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.07 
 
 
205 aa  189  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.74 
 
 
201 aa  153  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.06 
 
 
198 aa  139  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.48 
 
 
174 aa  132  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.24 
 
 
181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.32 
 
 
179 aa  113  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  37.42 
 
 
173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.35 
 
 
197 aa  108  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  39.05 
 
 
204 aa  108  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.94 
 
 
180 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.94 
 
 
180 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.95 
 
 
180 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  35.26 
 
 
217 aa  96.3  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.02 
 
 
224 aa  90.1  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  31.07 
 
 
242 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.73 
 
 
242 aa  89  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.78 
 
 
241 aa  87.4  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.04 
 
 
267 aa  84.3  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.38 
 
 
259 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  32.48 
 
 
311 aa  79.7  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  27.69 
 
 
268 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.28 
 
 
288 aa  76.6  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.13 
 
 
179 aa  76.6  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  30.32 
 
 
310 aa  76.3  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.76 
 
 
249 aa  74.7  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  31.18 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  28.75 
 
 
418 aa  69.3  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  42.5 
 
 
83 aa  67.8  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
70 aa  67.8  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  45.16 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  42.03 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  40.58 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  40.58 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  40.58 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 
69 aa  64.7  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  39.71 
 
 
71 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  64.7  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 
67 aa  64.7  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.9 
 
 
210 aa  64.3  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  42.03 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.54 
 
 
67 aa  64.7  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  47.46 
 
 
67 aa  64.7  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  40.58 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.76 
 
 
67 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.76 
 
 
67 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  63.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.71 
 
 
71 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.07 
 
 
69 aa  63.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.54 
 
 
67 aa  63.9  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  40.58 
 
 
69 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  41.79 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>