More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3462 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
210 aa  407  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  33.97 
 
 
204 aa  108  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  35.96 
 
 
242 aa  95.9  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  33.99 
 
 
217 aa  93.2  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.99 
 
 
224 aa  92.4  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  33 
 
 
311 aa  86.7  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.54 
 
 
198 aa  82.8  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  32.18 
 
 
317 aa  82.4  0.000000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.48 
 
 
201 aa  73.9  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.04 
 
 
205 aa  71.6  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.24 
 
 
199 aa  71.6  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
241 aa  71.2  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  25.6 
 
 
192 aa  70.9  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5421  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
68 aa  70.1  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal  0.64967 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.66 
 
 
179 aa  70.5  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
259 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.14 
 
 
220 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
279 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  48.44 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  48.53 
 
 
281 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
268 aa  68.9  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.71 
 
 
221 aa  68.6  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  25.73 
 
 
179 aa  68.6  0.00000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.14 
 
 
217 aa  68.2  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  45.71 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  45.71 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0142  cold shock protein  50.82 
 
 
74 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  67.8  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67.8  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.71 
 
 
217 aa  67  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 
189 aa  67  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  47.76 
 
 
70 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  45.31 
 
 
70 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1752  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.7 
 
 
68 aa  66.6  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  49.21 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  43.75 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  43.75 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  43.75 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  43.75 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.15 
 
 
267 aa  65.5  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  43.75 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  43.75 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  43.75 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  43.75 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.15 
 
 
249 aa  65.1  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0246  cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251668  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0217  cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  50 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  26.87 
 
 
197 aa  64.7  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
310 aa  65.1  0.0000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.73 
 
 
201 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0078  cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19657  normal  0.176991 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.9 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2842  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 
68 aa  64.3  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  43.75 
 
 
217 aa  63.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  42.86 
 
 
70 aa  63.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
70 aa  64.7  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1094  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
68 aa  64.7  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0243204 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.5 
 
 
181 aa  64.3  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0093  cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.941798  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
68 aa  64.7  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  45.9 
 
 
67 aa  64.3  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.46 
 
 
288 aa  63.5  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0809  cold-shock DNA-binding domain protein  50.88 
 
 
69 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.13645 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.65 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  40.58 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  42.65 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  50.88 
 
 
68 aa  63.9  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.65 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4183  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
67 aa  63.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0862888  normal  0.391924 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5655  cold-shock DNA-binding domain protein  50.82 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0922  cold-shock DNA-binding domain protein  50.88 
 
 
69 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11423  normal  0.220498 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6591  cold-shock DNA-binding domain protein  50.82 
 
 
69 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426867 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 
70 aa  63.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1263  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 
67 aa  62.8  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.21 
 
 
67 aa  63.2  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>