More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2938 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 221 aa  453  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  93.21 
 
 		 219 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  82.2 
 
 		 235 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.04 
 
 		 220 aa  370  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  78.95 
 
 		 217 aa  354  5e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.28 
 
 		 217 aa  352  4e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  77.78 
 
 		 217 aa  346  2e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  71.11 
 
 		 192 aa  267  8.999999999999999e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  63.55 
 
 		 192 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  63.05 
 
 		 192 aa  264  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.29 
 
 		 192 aa  263  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  73.33 
 
 		 189 aa  261  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.94 
 
 		 204 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.02 
 
 		 201 aa  260  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  72.29 
 
 		 181 aa  255  4e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  71.08 
 
 		 202 aa  255  4e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  71.08 
 
 		 181 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  69.14 
 
 		 193 aa  248  4e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68 
 
 		 193 aa  247  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.33 
 
 		 192 aa  246  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  68.57 
 
 		 193 aa  246  3e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.52 
 
 		 197 aa  231  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  62.72 
 
 		 189 aa  216  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  56.98 
 
 		 179 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.34 
 
 		 205 aa  187  8e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.44 
 
 		 199 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.41 
 
 		 201 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  45 
 
 		 198 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.1 
 
 		 174 aa  129  5.0000000000000004e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.57 
 
 		 181 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.72 
 
 		 179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.12 
 
 		 197 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  39.05 
 
 		 204 aa  108  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  36.53 
 
 		 173 aa  107  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.48 
 
 		 180 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.48 
 
 		 180 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.34 
 
 		 180 aa  102  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  35.84 
 
 		 217 aa  97.8  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.53 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  31.07 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.73 
 
 		 242 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.78 
 
 		 241 aa  88.2  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.92 
 
 		 259 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.53 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  27.69 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  32.69 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.32 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.26 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.7 
 
 		 249 aa  75.1  0.0000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  29.79 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  31.17 
 
 		 317 aa  70.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  28.75 
 
 		 418 aa  69.7  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  44.26 
 
 		 67 aa  65.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  46.88 
 
 		 69 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 67 aa  65.9  0.0000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  43.75 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 69 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.9 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  44.12 
 
 		 83 aa  65.1  0.0000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  48.28 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  45.16 
 
 		 69 aa  64.7  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.98 
 
 		 68 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  40.98 
 
 		 68 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  44.44 
 
 		 69 aa  64.3  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  42.03 
 
 		 69 aa  64.7  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  48.33 
 
 		 68 aa  64.7  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  44.83 
 
 		 67 aa  63.5  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.55 
 
 		 67 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.55 
 
 		 67 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.75 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.75 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.55 
 
 		 67 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 		 67 aa  64.3  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  45.9 
 
 		 67 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  40.58 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  39.13 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  39.13 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  39.13 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.73 
 
 		 67 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  39.13 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  39.13 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  39.13 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  39.13 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  39.13 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  39.73 
 
 		 67 aa  63.2  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  39.13 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.9 
 
 		 67 aa  63.5  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  45.9 
 
 		 67 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  40.98 
 
 		 81 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 		 67 aa  62.8  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  39.13 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 67 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>