More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2286 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  100 
 
 		 192 aa  395  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  84.38 
 
 		 192 aa  342  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  84.38 
 
 		 192 aa  341  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.81 
 
 		 192 aa  337  5e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.28 
 
 		 193 aa  277  7e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  65.35 
 
 		 217 aa  275  3e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  71.74 
 
 		 193 aa  273  1.0000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  71.2 
 
 		 193 aa  270  9e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.33 
 
 		 217 aa  268  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.11 
 
 		 221 aa  267  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  70.56 
 
 		 235 aa  266  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  70.56 
 
 		 219 aa  265  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.51 
 
 		 220 aa  263  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.89 
 
 		 217 aa  261  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 197 aa  258  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.88 
 
 		 204 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  66.86 
 
 		 189 aa  252  3e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.33 
 
 		 201 aa  249  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  68.71 
 
 		 181 aa  247  9e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  66.87 
 
 		 181 aa  241  5e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  66.26 
 
 		 202 aa  241  6e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.47 
 
 		 192 aa  230  9e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  61.68 
 
 		 179 aa  228  6e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  63.69 
 
 		 189 aa  216  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.31 
 
 		 205 aa  192  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.74 
 
 		 199 aa  182  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.63 
 
 		 201 aa  151  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.06 
 
 		 198 aa  140  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.14 
 
 		 181 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 197 aa  121  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.04 
 
 		 174 aa  118  4.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  38.76 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.06 
 
 		 179 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  37.74 
 
 		 173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.18 
 
 		 180 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.18 
 
 		 180 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.78 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  34.64 
 
 		 217 aa  97.1  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.83 
 
 		 241 aa  92  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.98 
 
 		 224 aa  90.1  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.28 
 
 		 242 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  31.82 
 
 		 242 aa  88.2  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.97 
 
 		 179 aa  88.2  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  33.97 
 
 		 311 aa  85.1  5e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.17 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  29.95 
 
 		 268 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.88 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.25 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  31.82 
 
 		 317 aa  74.7  0.0000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  29.26 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.67 
 
 		 288 aa  71.2  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  30 
 
 		 418 aa  70.9  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 		 70 aa  70.5  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  41.79 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 		 70 aa  67.4  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  67.4  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12737  predicted protein  46.67 
 
 		 71 aa  67  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 		 70 aa  67.4  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  38.81 
 
 		 70 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 		 67 aa  66.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.21 
 
 		 89 aa  66.2  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 69 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  41.79 
 
 		 70 aa  65.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 70 aa  65.9  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  40.58 
 
 		 69 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 		 68 aa  64.7  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 		 71 aa  64.7  0.0000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  37.68 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  39.71 
 
 		 71 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  37.68 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  37.68 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  39.71 
 
 		 71 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  40.3 
 
 		 70 aa  64.3  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 		 69 aa  64.3  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.3 
 
 		 70 aa  64.3  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.71 
 
 		 71 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  39.13 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  37.68 
 
 		 69 aa  63.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  38.81 
 
 		 70 aa  63.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>