More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2262 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
242 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  91.39 
 
 
242 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.31 
 
 
259 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  68.23 
 
 
279 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  67.74 
 
 
281 aa  279  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  69.12 
 
 
268 aa  277  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.31 
 
 
241 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  48.35 
 
 
217 aa  186  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  54.01 
 
 
204 aa  172  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.09 
 
 
224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.93 
 
 
210 aa  105  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.48 
 
 
179 aa  95.5  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  34.52 
 
 
310 aa  94  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.4 
 
 
217 aa  93.6  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  34.55 
 
 
418 aa  93.2  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.86 
 
 
221 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  30.86 
 
 
219 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.4 
 
 
217 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.22 
 
 
201 aa  89.4  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  31.32 
 
 
181 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.73 
 
 
220 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  31.61 
 
 
192 aa  89  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  31.61 
 
 
192 aa  89  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  29.83 
 
 
174 aa  89  7e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  30.73 
 
 
235 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  30.9 
 
 
189 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.34 
 
 
204 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  30.77 
 
 
181 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  30.77 
 
 
202 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  32.58 
 
 
317 aa  85.9  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  31.28 
 
 
217 aa  85.9  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.95 
 
 
205 aa  85.5  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  31.43 
 
 
192 aa  85.5  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.51 
 
 
249 aa  85.5  7e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.03 
 
 
192 aa  85.5  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.46 
 
 
199 aa  83.2  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.46 
 
 
181 aa  82.8  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.71 
 
 
192 aa  83.2  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.86 
 
 
193 aa  82.4  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.95 
 
 
197 aa  82.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  32.2 
 
 
311 aa  82.4  0.000000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.09 
 
 
201 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.96 
 
 
179 aa  79.7  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.31 
 
 
180 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.74 
 
 
180 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.74 
 
 
180 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  29.19 
 
 
173 aa  78.6  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.72 
 
 
267 aa  77.8  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  29.71 
 
 
193 aa  78.2  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  28.12 
 
 
189 aa  77.8  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  50.75 
 
 
68 aa  77  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.02 
 
 
68 aa  77  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  29.14 
 
 
193 aa  75.9  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.86 
 
 
71 aa  75.5  0.0000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  56.06 
 
 
68 aa  74.7  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
69 aa  74.7  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28 
 
 
197 aa  74.7  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  50.75 
 
 
70 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
70 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.89 
 
 
68 aa  72.4  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.31 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.94 
 
 
69 aa  72.4  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  54.84 
 
 
67 aa  72  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.84 
 
 
67 aa  72  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.69 
 
 
67 aa  72  0.000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000256327  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2354  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.52 
 
 
70 aa  72  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.895038  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  54.84 
 
 
67 aa  72  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  50 
 
 
70 aa  72  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.71 
 
 
288 aa  71.6  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3392  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.52 
 
 
68 aa  71.6  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  53.03 
 
 
68 aa  71.6  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
69 aa  71.6  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
67 aa  71.2  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.24 
 
 
69 aa  71.6  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.61 
 
 
68 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  47.76 
 
 
70 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  51.61 
 
 
68 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  46.27 
 
 
70 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  56.45 
 
 
66 aa  70.5  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
68 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.24 
 
 
69 aa  70.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.1 
 
 
67 aa  70.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
80 aa  70.5  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
70 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
70 aa  70.5  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  46.97 
 
 
69 aa  70.5  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2061  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.47 
 
 
70 aa  70.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97163  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  27.27 
 
 
179 aa  70.5  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  46.97 
 
 
69 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1949  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  70.1  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589262  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  46.97 
 
 
69 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.74 
 
 
67 aa  70.5  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  46.97 
 
 
69 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0374  cold-shock DNA-binding domain protein  51.52 
 
 
69 aa  70.1  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381403  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.61 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>