More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0192 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
241 aa  473  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  52.21 
 
 
242 aa  201  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.18 
 
 
242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.37 
 
 
224 aa  193  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
204 aa  191  9e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.58 
 
 
259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  48.51 
 
 
217 aa  187  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  54.27 
 
 
279 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  55.15 
 
 
268 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  72.73 
 
 
281 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.45 
 
 
210 aa  112  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  36.57 
 
 
173 aa  103  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.8 
 
 
180 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.82 
 
 
174 aa  103  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.2 
 
 
201 aa  100  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.2 
 
 
180 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.2 
 
 
180 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  34.83 
 
 
192 aa  99.8  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.4 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  32.64 
 
 
192 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  32.77 
 
 
181 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.98 
 
 
192 aa  96.7  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  32.72 
 
 
235 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  32.12 
 
 
192 aa  95.5  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  33.15 
 
 
219 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.71 
 
 
217 aa  94.7  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.15 
 
 
221 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.52 
 
 
181 aa  94  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  36.14 
 
 
311 aa  94  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.27 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.47 
 
 
192 aa  93.6  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.15 
 
 
220 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  33.71 
 
 
189 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 
179 aa  93.2  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  33.9 
 
 
181 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  33.33 
 
 
202 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.15 
 
 
217 aa  92  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  33.73 
 
 
317 aa  91.7  9e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.1 
 
 
197 aa  91.7  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.95 
 
 
193 aa  91.3  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.14 
 
 
205 aa  90.9  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.21 
 
 
197 aa  89.4  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.41 
 
 
198 aa  89  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  38.71 
 
 
310 aa  88.2  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  32.39 
 
 
193 aa  88.2  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  31.43 
 
 
179 aa  87.8  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  32.02 
 
 
217 aa  87.8  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.36 
 
 
179 aa  87  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  35.52 
 
 
418 aa  87  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.94 
 
 
201 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  31.82 
 
 
193 aa  85.9  6e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  28.24 
 
 
189 aa  81.6  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.77 
 
 
267 aa  80.9  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 
71 aa  80.5  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  58.46 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  79.3  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
67 aa  79.3  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  59.02 
 
 
67 aa  79  0.00000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.02 
 
 
67 aa  79  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.38 
 
 
67 aa  78.6  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  62.3 
 
 
67 aa  78.2  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.66 
 
 
67 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  55.74 
 
 
67 aa  77  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  58.06 
 
 
67 aa  77.4  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  57.38 
 
 
67 aa  77.8  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.45 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.66 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.66 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.66 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.66 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.66 
 
 
67 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  59.02 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  56.45 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.02 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.38 
 
 
67 aa  75.5  0.0000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  54.1 
 
 
67 aa  75.5  0.0000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  59.02 
 
 
67 aa  75.1  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  60.66 
 
 
67 aa  75.1  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0255  Cold-shock protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
71 aa  74.3  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
66 aa  74.7  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  56.45 
 
 
67 aa  75.1  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  53.97 
 
 
67 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  57.38 
 
 
66 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  55.74 
 
 
69 aa  74.3  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.84 
 
 
67 aa  73.9  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  53.23 
 
 
68 aa  74.3  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  59.02 
 
 
67 aa  73.9  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.67 
 
 
94 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.74 
 
 
70 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  57.38 
 
 
70 aa  74.3  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  54.69 
 
 
67 aa  74.3  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
69 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  53.97 
 
 
70 aa  73.2  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  57.38 
 
 
68 aa  73.6  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  55.74 
 
 
67 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
67 aa  73.6  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1074  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.9 
 
 
68 aa  73.6  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0836241  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  55.74 
 
 
70 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  56.45 
 
 
67 aa  73.6  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.45 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>