More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1238 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 197 aa  394  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.267087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  96.45 
 
 		 197 aa  360  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  90.36 
 
 		 197 aa  311  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  68.32 
 
 		 200 aa  255  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  62.62 
 
 		 204 aa  237  8e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  63.77 
 
 		 203 aa  228  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.39 
 
 		 205 aa  184  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1209  cold-shock domain-contain protein  95.6 
 
 		 91 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953881  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3984  cold shock domain family protein  95.52 
 
 		 73 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1403  cold-shock protein, DNA-binding  95.52 
 
 		 73 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.861967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 69 aa  109  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  73.13 
 
 		 69 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  73.13 
 
 		 69 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 69 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  71.88 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0555  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.58 
 
 		 155 aa  105  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.804868  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  67.16 
 
 		 69 aa  104  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 69 aa  104  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 69 aa  104  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 		 69 aa  101  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 69 aa  101  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 71 aa  101  7e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 		 71 aa  100  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2556  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 179 aa  99.4  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115723  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 69 aa  98.2  6e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 71 aa  98.6  6e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 156 aa  93.2  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  58.21 
 
 		 69 aa  90.9  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 		 69 aa  90.9  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 		 69 aa  90.9  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 		 68 aa  90.5  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  61.76 
 
 		 70 aa  89.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 		 69 aa  89  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 68 aa  88.6  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 69 aa  88.6  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  60.94 
 
 		 69 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 69 aa  89  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  60.94 
 
 		 69 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 		 69 aa  88.6  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  60.94 
 
 		 69 aa  88.2  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 68 aa  88.6  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  60.29 
 
 		 70 aa  88.6  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 68 aa  88.2  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 		 69 aa  88.2  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  55.88 
 
 		 69 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 		 69 aa  88.2  8e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  55.88 
 
 		 69 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 		 69 aa  87.8  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 		 68 aa  87.8  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 		 69 aa  87.8  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 		 69 aa  87.8  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  59.38 
 
 		 69 aa  86.7  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  58.21 
 
 		 69 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 68 aa  87  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 		 68 aa  86.7  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 67 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  58.21 
 
 		 69 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.21 
 
 		 69 aa  87  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  58.46 
 
 		 70 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 		 70 aa  86.7  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  60.94 
 
 		 70 aa  87  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2908  hypothetical protein  63.24 
 
 		 71 aa  85.9  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.72 
 
 		 69 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  58.46 
 
 		 69 aa  85.9  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 68 aa  85.9  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1794  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.17 
 
 		 75 aa  85.9  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000283022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 170 aa  86.3  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 68 aa  85.9  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 		 68 aa  85.5  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.22 
 
 		 69 aa  85.5  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 68 aa  85.5  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 		 69 aa  85.5  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 		 65 aa  85.5  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  59.02 
 
 		 69 aa  85.5  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.29 
 
 		 66 aa  85.1  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 67 aa  84.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.32 
 
 		 66 aa  84.7  8e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 66 aa  84.7  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2762  hypothetical protein  61.76 
 
 		 71 aa  84.7  8e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.38 
 
 		 70 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 69 aa  84.7  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 		 69 aa  84.3  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  57.81 
 
 		 69 aa  84.7  9e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 69 aa  84.7  9e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 70 aa  84.3  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 69 aa  84.7  9e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 		 69 aa  84.7  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 69 aa  84.7  9e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 		 69 aa  84.7  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 		 69 aa  84.7  9e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  56.06 
 
 		 165 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  59.09 
 
 		 70 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  60 
 
 		 69 aa  84  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 		 67 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 		 68 aa  84.3  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.3 
 
 		 65 aa  84  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00522  cold shock protein  56.72 
 
 		 69 aa  84  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  59.38 
 
 		 69 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 67 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 68 aa  84  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>