More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Csal_0555 on replicon NC_007963
Organism: Chromohalobacter salexigens DSM 3043



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007963  Csal_0555  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
155 aa  315  1e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.804868  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2556  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 
179 aa  111  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115723  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  65.67 
 
 
204 aa  112  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.57 
 
 
197 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  68.75 
 
 
203 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.32 
 
 
205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.81 
 
 
197 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  55.13 
 
 
200 aa  106  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  67.16 
 
 
69 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  67.16 
 
 
69 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.58 
 
 
197 aa  104  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.267087  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
69 aa  102  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  67.69 
 
 
69 aa  102  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1209  cold-shock domain-contain protein  52.22 
 
 
91 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953881  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3984  cold shock domain family protein  64.06 
 
 
73 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1403  cold-shock protein, DNA-binding  64.06 
 
 
73 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.861967  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.84 
 
 
69 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  68.25 
 
 
69 aa  97.4  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
69 aa  97.4  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
69 aa  97.4  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 
73 aa  95.1  3e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 
73 aa  95.1  3e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  64.18 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
71 aa  94.7  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  64.18 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2338  cold-shock DNA-binding domain protein  38.19 
 
 
143 aa  93.6  8e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00428193  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
71 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
71 aa  93.6  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
156 aa  93.2  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  56.72 
 
 
69 aa  90.9  6e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  55.22 
 
 
165 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 
70 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 
70 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  54.41 
 
 
70 aa  89  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
66 aa  89  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  59.7 
 
 
69 aa  89  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  59.7 
 
 
69 aa  89  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.42 
 
 
170 aa  87.8  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
70 aa  87.8  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.13 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.41 
 
 
70 aa  87  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  59.38 
 
 
70 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  57.81 
 
 
70 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  58.73 
 
 
70 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.93 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  60.32 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  61.67 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.32 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  60.66 
 
 
61 aa  84.7  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.32 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.32 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
68 aa  84.7  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
69 aa  84.3  6e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
68 aa  84.3  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
69 aa  84  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  60.32 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  57.14 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.46 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  49.25 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  59.38 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
69 aa  82  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 
66 aa  82.4  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
66 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.67 
 
 
65 aa  82.4  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
68 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.24 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.68 
 
 
65 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.25 
 
 
69 aa  82  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  58.73 
 
 
65 aa  82  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0367  cold-shock DNA-binding domain protein  59.02 
 
 
68 aa  82  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.12569e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.71 
 
 
67 aa  82  0.000000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  58.73 
 
 
66 aa  81.3  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  50 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  50.75 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  50.75 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1960  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
70 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.507319  normal  0.106232 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.75 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00399  major cold shock protein  55.74 
 
 
61 aa  80.9  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.25 
 
 
69 aa  80.9  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>