More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00522 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00522  cold shock protein  100 
 
 
69 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
66 aa  93.6  7e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  68.57 
 
 
70 aa  93.6  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.84 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  68.25 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  69.23 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
66 aa  92  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  72.13 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  72.13 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  66.67 
 
 
69 aa  92  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 
70 aa  91.7  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  64.29 
 
 
70 aa  91.3  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
68 aa  90.9  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.32 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
66 aa  90.9  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.42 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
66 aa  90.5  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
66 aa  90.5  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  66.67 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  66.67 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  90.1  9e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  59.42 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  62.32 
 
 
69 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  62.32 
 
 
69 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.32 
 
 
69 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.32 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  89.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  70.97 
 
 
66 aa  88.6  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
68 aa  89  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  71.67 
 
 
85 aa  89  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  67.16 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 
71 aa  88.6  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  57.97 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  55.07 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
69 aa  88.2  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  53.62 
 
 
69 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  87.8  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  53.62 
 
 
69 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  61.43 
 
 
70 aa  87.4  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 
69 aa  87  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
69 aa  87  7e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
68 aa  87  8e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
68 aa  86.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  86.7  9e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
70 aa  86.7  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  60.61 
 
 
200 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  64.18 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  60.87 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  65.67 
 
 
70 aa  85.9  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  60.87 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.62 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  66.67 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  64.18 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.33 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.43 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2354  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.895038  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.43 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>