More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1305 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.55 
 
 		 671 aa  637    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  49.55 
 
 		 671 aa  636    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  77.96 
 
 		 670 aa  1073    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.55 
 
 		 671 aa  637    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  52.71 
 
 		 673 aa  659    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  51.72 
 
 		 675 aa  658    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.44 
 
 		 669 aa  636    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0735  DNA ligase, NAD-dependent  49.64 
 
 		 699 aa  649    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  49.33 
 
 		 682 aa  645    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  72.41 
 
 		 668 aa  1001    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  51.43 
 
 		 673 aa  675    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  52.23 
 
 		 683 aa  642    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  52.58 
 
 		 711 aa  658    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.55 
 
 		 671 aa  636    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  51.5 
 
 		 675 aa  661    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  61.83 
 
 		 671 aa  827    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  52.18 
 
 		 677 aa  691    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  52.41 
 
 		 678 aa  649    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.7 
 
 		 671 aa  637    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  72.71 
 
 		 668 aa  1007    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  49.63 
 
 		 669 aa  635    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  75.56 
 
 		 671 aa  1046    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  50.76 
 
 		 662 aa  671    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  63.7 
 
 		 683 aa  863    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.45 
 
 		 670 aa  678    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.55 
 
 		 671 aa  637    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  51.12 
 
 		 666 aa  656    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0693  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 687 aa  649    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.600829  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  51.13 
 
 		 670 aa  672    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  50.45 
 
 		 674 aa  647    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  53.88 
 
 		 672 aa  715    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  49.55 
 
 		 671 aa  637    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0729  DNA ligase, NAD-dependent  48.98 
 
 		 687 aa  641    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  50.9 
 
 		 691 aa  646    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  50.36 
 
 		 721 aa  640    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.55 
 
 		 671 aa  637    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 672 aa  1380    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.45 
 
 		 670 aa  654    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0728  DNA ligase, NAD-dependent  48.83 
 
 		 687 aa  638    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  50.97 
 
 		 673 aa  656    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  50.6 
 
 		 671 aa  639    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  50.82 
 
 		 670 aa  635    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  49.02 
 
 		 663 aa  649    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  51.52 
 
 		 659 aa  647    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  50.52 
 
 		 670 aa  671    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  52.44 
 
 		 694 aa  692    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  48.96 
 
 		 689 aa  633  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  47.95 
 
 		 711 aa  632  1e-180  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  49.04 
 
 		 690 aa  634  1e-180  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  48.57 
 
 		 690 aa  633  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  49.85 
 
 		 671 aa  634  1e-180  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  49.7 
 
 		 677 aa  630  1e-179  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.65 
 
 		 670 aa  629  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.18 
 
 		 671 aa  630  1e-179  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  50.45 
 
 		 671 aa  630  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.56 
 
 		 681 aa  629  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.65 
 
 		 670 aa  629  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  49.03 
 
 		 690 aa  631  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  48.89 
 
 		 691 aa  628  1e-179  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  50.45 
 
 		 671 aa  630  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  46.4 
 
 		 665 aa  627  1e-178  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  50.45 
 
 		 683 aa  625  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  47.83 
 
 		 673 aa  626  1e-178  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.65 
 
 		 670 aa  628  1e-178  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  50.83 
 
 		 691 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.73 
 
 		 671 aa  626  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  48.68 
 
 		 680 aa  626  1e-178  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  50.82 
 
 		 691 aa  625  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  48.58 
 
 		 680 aa  625  1e-178  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.8 
 
 		 671 aa  627  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.18 
 
 		 673 aa  627  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.73 
 
 		 671 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.73 
 
 		 671 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  50.68 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  51.12 
 
 		 691 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  50.68 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  47.53 
 
 		 673 aa  624  1e-177  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  49.93 
 
 		 686 aa  624  1e-177  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  50.68 
 
 		 691 aa  623  1e-177  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  50.53 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  50.68 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  48.88 
 
 		 668 aa  623  1e-177  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  50.68 
 
 		 691 aa  623  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.65 
 
 		 671 aa  623  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.12 
 
 		 681 aa  622  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  50.68 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.48 
 
 		 669 aa  620  1e-176  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.63 
 
 		 669 aa  619  1e-176  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.63 
 
 		 669 aa  619  1e-176  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.33 
 
 		 669 aa  619  1e-176  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.85 
 
 		 669 aa  621  1e-176  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  48.28 
 
 		 672 aa  621  1e-176  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  47.77 
 
 		 670 aa  619  1e-176  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  49.48 
 
 		 673 aa  621  1e-176  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  49.09 
 
 		 673 aa  621  1e-176  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  50.82 
 
 		 691 aa  621  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  48.45 
 
 		 697 aa  619  1e-176  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.77 
 
 		 669 aa  621  1e-176  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  48.94 
 
 		 690 aa  615  1e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.55 
 
 		 669 aa  617  1e-175  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>